<div dir="ltr">Are there packages that do joint transformation at once?<div>As far as I understand the SPM  uses separate steps.</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 6, 2014 at 6:16 PM, Yaroslav Halchenko <span dir="ltr"><<a href="mailto:debian@onerussian.com" target="_blank">debian@onerussian.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class=""><br>
On Mon, 05 May 2014, J.A. Etzel wrote:<br>
<br>
> On 5/5/2014 2:51 PM, Vadim Axel wrote:<br>
> >I personally use always normalized and I do not think that this<br>
> >should matter too much. I think given that normalization introduces<br>
> >some smoothing, it may probably even increase predictions - as Hans<br>
> >Op De Beeck showed that smoothing might be helpful for prediction<br>
> >rate.<br>
<br>
> Unfortunately, *should* matter doesn't always mean *does* matter, and<br>
> I'm very hesitant to draw too many conclusions from experiences with<br>
> smoothing: some spatial normalization algorithms are far, far<br>
> different than Gaussian smoothing.<br>
<br>
> That doesn't mean to never spatially normalize, but I would<br>
> certainly never assume that it's a neutral procedure.<br>
<br>
</div>moreover, in case of linear "normalization" -- if you "normalize" by<br>
applying a joined transformation (motion correction + normalization) to<br>
each volume, instead of two separate steps (motion correction of entire<br>
4d series and then normalization of the entire 4d at once), then those<br>
should be nearly identical and theoretically "MVPA" metrics should be<br>
the same if resolution is nearly the same as original and subjects<br>
did move at least a bit since then those volumes would get<br>
interpolated anyway to correct for the motion.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
Yaroslav O. Halchenko, Ph.D.<br>
<a href="http://neuro.debian.net" target="_blank">http://neuro.debian.net</a> <a href="http://www.pymvpa.org" target="_blank">http://www.pymvpa.org</a> <a href="http://www.fail2ban.org" target="_blank">http://www.fail2ban.org</a><br>


Research Scientist,            Psychological and Brain Sciences Dept.<br>
Dartmouth College, 419 Moore Hall, Hinman Box 6207, Hanover, NH 03755<br>
Phone: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-9834" value="+16036469834">+1 (603) 646-9834</a>                       Fax: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-1419" value="+16036461419">+1 (603) 646-1419</a><br>
WWW:   <a href="http://www.linkedin.com/in/yarik" target="_blank">http://www.linkedin.com/in/yarik</a><br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>