<div dir="ltr"><div><div>Interesting, thanks!</div></div><div>So, in "Realign" I select only "Estimate". And in this stage nothing actually happens and SPM keeps it sort "in mind". I guess it should not be a problem to chain the estimates? I mean currently I have after realign after co-register with "Estimate" So, I will do Realign:Estimate, Co-register:Estimate and Normalization. Makes sense?</div>

</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 6, 2014 at 9:07 PM, Matthew Brett <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthew.brett@gmail.com" target="_blank">matthew.brett@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<div class=""><br>
On Tue, May 6, 2014 at 8:24 AM, Vadim Axel <<a href="mailto:axel.vadim@gmail.com">axel.vadim@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Are there packages that do joint transformation at once?<br>
> As far as I understand the SPM  uses separate steps.<br>
<br>
</div>No, not if it can avoid it.  If you motion correction using 'realign'<br>
without reslicing, then SPM only changes the image affines, and<br>
doesn't reslice the images.<br>
<br>
If you then do spatial normalization and select the realigned (not<br>
resliced) data - the whole transformation is applied in one go (motion<br>
correction + spatial normalization),<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Matthew<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>