<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I’m attempting to use pymvpa2-prep-afni-surf to preprocess my freesurfer data before running surface searchlights. As I can’t get AFNI/SUMA installed on my Mavericks osx system, I’m doing this all through VMware and NeuroDebian (with PyMVPA and AFNI/SUMA installed). </div>

<div><br></div><div>I believe I’m following the instructions correctly, but get error messages that I can’t interpret. I’ve pointed the script toward a 3D example functional image, the freesurfer directory for a specific subject, and an empty folder for output. Any advice would be appreciated! Messages are below.</div>

<div><br></div><div>Best,</div><div>Mike</div><div><br></div><div>—</div><div><br></div><div><div>brain@neurodebian:~/host/april_analyses/subs$ pymvpa2-prep-afni-surf -e 05/warps/example_func.nii -d surfer/05/surf/ -r 05/prepper/</div>

<div>> Namespace(AddEdge='yes', aea_opts='-cmass cmass+xyz -big_move', anatvol=None, epivol='05/warps/example_func.nii', expvol=None, expvol_ss='yes', hemi='l+r', identity=False, isepi=None, ld='4+8+16+32+64+128', notemplate=False, overwrite=False, refdir='05/prepper/', sid=None, steps='all', surfdir='surfer/05/surf/', surfformat='ascii', template=False)</div>

<div>Looking in /media/sf_host/april_analyses/subs/surfer/05/surf/../scripts/recon-all.done</div><div>Found Freesurfer sid 05</div><div>Set absolute path for expvol: /media/sf_host/april_analyses/subs/05/warps/example_func.nii</div>

<div>Set absolute path for refdir: /media/sf_host/april_analyses/subs/05/prepper</div><div>Set absolute path for surfdir: /media/sf_host/april_analyses/subs/surfer/05/surf</div><div>/bin/sh: 1: 3dAttribute: not found</div>

<div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File "/usr/bin/pymvpa2-prep-afni-surf", line 25, in <module></div><div>    run_prep_afni_surf(vars(d))</div><div>  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/support/afni/lib_prep_afni_surf.py", line 1205, in run_prep_afni_surf</div>

<div>    augmentconfig(config)</div><div>  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/support/afni/lib_prep_afni_surf.py", line 266, in augmentconfig</div><div>    outvol_space = utils.cmd_capture_output(cmd)</div>

<div>  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/mvpa2/support/afni/afni_utils.py", line 123, in cmd_capture_output</div><div>    return subprocess.check_output(cmd, env=env, shell=True)</div><div>  File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 544, in check_output</div>

<div>    raise CalledProcessError(retcode, cmd, output=output)</div><div>subprocess.CalledProcessError: Command '3dAttribute TEMPLATE_SPACE /media/sf_host/april_analyses/subs/05/warps/example_func.nii' returned non-zero exit status 127</div>

</div><div><br></div></div>