<div dir="ltr">Thanks, got it now on my native OSX. </div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Sat, May 10, 2014 at 8:20 PM, Yaroslav Halchenko <span dir="ltr"><<a href="mailto:debian@onerussian.com" target="_blank">debian@onerussian.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Fri, 09 May 2014, Mike E. Klein wrote:<br>
<br>
>    Hi all,<br>
>    I’m attempting to use pymvpa2-prep-afni-surf to preprocess my freesurfer<br>
>    data before running surface searchlights. As I can’t get AFNI/SUMA<br>
>    installed on my Mavericks osx system, I’m doing this all through VMware<br>
>    and NeuroDebian (with PyMVPA and AFNI/SUMA installed). <br>
>    I believe I’m following the instructions correctly, but get error messages<br>
>    that I can’t interpret. I’ve pointed the script toward a 3D example<br>
>    functional image, the freesurfer directory for a specific subject, and an<br>
>    empty folder for output. Any advice would be appreciated! Messages are<br>
>    below.<br>
>    Best,<br>
>    Mike<br>
>    —<br>
>    brain@neurodebian:~/host/april_analyses/subs$ pymvpa2-prep-afni-surf -e<br>
>    05/warps/example_func.nii -d surfer/05/surf/ -r 05/prepper/<br>
>    > Namespace(AddEdge='yes', aea_opts='-cmass cmass+xyz -big_move',<br>
>    anatvol=None, epivol='05/warps/example_func.nii', expvol=None,<br>
>    expvol_ss='yes', hemi='l+r', identity=False, isepi=None,<br>
>    ld='4+8+16+32+64+128', notemplate=False, overwrite=False,<br>
>    refdir='05/prepper/', sid=None, steps='all', surfdir='surfer/05/surf/',<br>
>    surfformat='ascii', template=False)<br>
>    Looking in<br>
>    /media/sf_host/april_analyses/subs/surfer/05/surf/../scripts/recon-all.done<br>
>    Found Freesurfer sid 05<br>
>    Set absolute path for expvol:<br>
>    /media/sf_host/april_analyses/subs/05/warps/example_func.nii<br>
>    Set absolute path for refdir:<br>
>    /media/sf_host/april_analyses/subs/05/prepper<br>
>    Set absolute path for surfdir:<br>
>    /media/sf_host/april_analyses/subs/surfer/05/surf<br>
>    /bin/sh: 1: 3dAttribute: not found<br>
<br>
</div></div>read between the lines! ;)   probably just<br>
<br>
source /etc/afni/afni.sh<br>
<br>
before running pymvpa2-prep-afni-surf or altogether in your<br>
~/.bashrc -- it seems that even if you said to source them when going<br>
through the welcome wizard, they weren't :-/<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
Yaroslav O. Halchenko, Ph.D.<br>
<a href="http://neuro.debian.net" target="_blank">http://neuro.debian.net</a> <a href="http://www.pymvpa.org" target="_blank">http://www.pymvpa.org</a> <a href="http://www.fail2ban.org" target="_blank">http://www.fail2ban.org</a><br>


Research Scientist,            Psychological and Brain Sciences Dept.<br>
Dartmouth College, 419 Moore Hall, Hinman Box 6207, Hanover, NH 03755<br>
Phone: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-9834" value="+16036469834">+1 (603) 646-9834</a>                       Fax: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-1419" value="+16036461419">+1 (603) 646-1419</a><br>
WWW:   <a href="http://www.linkedin.com/in/yarik" target="_blank">http://www.linkedin.com/in/yarik</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>