<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:rgb(0,0,0)">Thanks Jo and Nick for the advise, the individual acc maps<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:rgb(0,0,0)">which I registered to MNI prior to t-test look fine to me<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:rgb(0,0,0)">(see example pic attached, spot with accuracy around 0.7)...there might be something going on in the t-testing done  in FSL, though I cant see what- as should work fine across imaging data types - <br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:rgb(0,0,0)">I will try your R code - thanks!<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:large;color:rgb(0,0,0)">ds  <br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 18, 2014 at 11:04 PM, J.A. Etzel <span dir="ltr"><<a href="mailto:jetzel@artsci.wustl.edu" target="_blank">jetzel@artsci.wustl.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I agree with Nick that something might have went wrong with the t-test. I've never tried one in fsl, either, but usually use R. Here's a little bit of R code to do a voxelwise t-test: <a href="http://mvpa.blogspot.com/2014/09/demo-r-code-to-perform-voxelwise-t-test.html" target="_blank">http://mvpa.blogspot.com/2014/<u></u>09/demo-r-code-to-perform-<u></u>voxelwise-t-test.html</a><br>
<br>
I assume you looked at the 19 subjects' accuracy maps before trying the t-test ...<br>
<br>
Jo<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
<br>
On 9/18/2014 8:58 AM, Nick Oosterhof wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
On Sep 18, 2014, at 3:36 PM, David Soto <<a href="mailto:d.soto.b@gmail.com" target="_blank">d.soto.b@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I reiterate I did this separately for each of the 19 subjects.<br>
<br>
I then aimed to carry out a group analyses using the individual<br>
accuracy maps. to do this I merged the 19 nifti accuracy maps into<br>
a 4D file and run a one-sample t-test in FSL using randomise -i<br>
searchpred -o searchpredOneSampT -1 -v 5 -T.<br>
<br>
Weirdly the output gives a group map with all brain voxels over<br>
p<0.001 !? which cannot be right...<br>
</blockquote>
<br>
I am not familiar with FSL's randomise tool (and a quick google<br>
search only gave me limited information).<br>
<br>
One possibility: did you test against the null hypothesis of a mean<br>
of zero? In your case chance level is .5 (=1/2), not 0. It could<br>
explain why you are getting all highly significant voxels. If that is<br>
the case, you should subtract .5 from the classification accuracy<br>
maps (of individual subjects) before testing against a mean of zero.<br>
______________________________<u></u>_________________ Pkg-ExpPsy-PyMVPA<br>
mailing list <a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org" target="_blank">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.<u></u>alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.<u></u>org/cgi-bin/mailman/listinfo/<u></u>pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
<br>
<br>
</blockquote></div></div><span class="im HOEnZb">
-- <br>
Joset A. Etzel, Ph.D.<br>
Research Analyst<br>
Cognitive Control & Psychopathology Lab<br>
Washington University in St. Louis<br>
<a href="http://mvpa.blogspot.com/" target="_blank">http://mvpa.blogspot.com/</a><br>
<br></span><div class="HOEnZb"><div class="h5">
______________________________<u></u>_________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org" target="_blank">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.<u></u>alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.<u></u>org/cgi-bin/mailman/listinfo/<u></u>pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr"><a href="http://www1.imperial.ac.uk/medicine/people/d.soto/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">http://www1.imperial.ac.uk/medicine/people/d.soto/</a><br></div>
</div>