<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Fri, Dec 12, 2014 at 1:42 PM, Yaroslav Halchenko <span dir="ltr"><<a href="mailto:debian@onerussian.com" target="_blank">debian@onerussian.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><br>
On Fri, 12 Dec 2014, Thomas Nickson wrote:<br>
<br>
>    I've trained a GNB classifier on a dataset with moderate success and would<br>
>    like to look at the regions that the classifier finds most interesting.<br>
<br>
</span>just use sphere_gnbsearchlight  ? ;)<br>
<span class=""><br></span></blockquote><div><br></div><div>I wanted to do whole brain but I'm doing both anyway.<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">
> I<br>
>    notice in the code that there is a sensitivity analyser for the GNB module<br>
>    but that it has been removed:<br>
<br>
</span>;) wonders of the open-source, aren't they? ;)<br>
<span class=""><br></span></blockquote><div><br></div><div>Truly!<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">
>    ## class GNBWeights(Sensitivity):<br>
>    ## """`SensitivityAnalyzer` that reports the weights GNB trained<br>
>    ## on a given `Dataset`.<br>
>    ## """<br>
>    ## _LEGAL_CLFS = [ GNB ]<br>
>    ## def _call(self, dataset=None):<br>
>    ## """Extract weights from GNB classifier.<br>
>    ## GNB always has weights available, so nothing has to be computed here.<br>
>    ## """<br>
>    ## clf = self.clf<br>
>    ## means = clf.means<br>
>    ## XXX we can do something better ;)<br>
>    ## return mean<br>
<br>
>    Is the use of the means considered to be poor in some sense?<br>
<br>
</span>well -- kinda since they wouldn't be anyhow describing the 'sensitivity'<br>
really, just a mean of the voxel given a class  label.<br></blockquote><div><br></div><div>Ok.<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<span class=""><br>
>    Could anyone provide more information about this:<br>
<br>
>    # XXX Later come up with some<br>
>    # could be a simple t-test maps using distributions<br>
>    # per each class<br>
<br>
</span>yeah -- something like that might prove being useful, but probably not<br>
too far from omnibus or ad-hoc Anovas which we have.  So that is why<br>
they were never implemented<br></blockquote><div>You mean using ANOVAs to calculate the sensitivity? How do I do that? <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
Yaroslav O. Halchenko, Ph.D.<br>
<a href="http://neuro.debian.net" target="_blank">http://neuro.debian.net</a> <a href="http://www.pymvpa.org" target="_blank">http://www.pymvpa.org</a> <a href="http://www.fail2ban.org" target="_blank">http://www.fail2ban.org</a><br>
Research Scientist,            Psychological and Brain Sciences Dept.<br>
Dartmouth College, 419 Moore Hall, Hinman Box 6207, Hanover, NH 03755<br>
Phone: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-9834" value="+16036469834">+1 (603) 646-9834</a>                       Fax: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-1419" value="+16036461419">+1 (603) 646-1419</a><br>
WWW:   <a href="http://www.linkedin.com/in/yarik" target="_blank">http://www.linkedin.com/in/yarik</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div></div>