<div dir="ltr"><div>Ah okay, thanks for that!<br><br></div>I thought ridge regression would give a continuous value right? I thought it might be good to look at this because the patients are high risk where some go on to develop a disorder at some time point which I thought might be interesting as a continuum. Although I'm happy to be told it's probably nonsense.<br><br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 15, 2015 at 2:23 PM, Yaroslav Halchenko <span dir="ltr"><<a href="mailto:debian@onerussian.com" target="_blank">debian@onerussian.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Thomas,<br>
<span class=""><br>
<br>
On Thu, 15 Jan 2015, Thomas Nickson wrote:<br>
<br>
>  /home/orkney_01/tnickson/Programming/pyVirtualEnv/lib/python2.6/site-packages/mvpa2/base/dataset.pyc in __init__(self, samples, sa, fa, a)<br>
>      213         if not hasattr(samples, 'dtype'):<br>
>      214             raise ValueError(<br>
>  --> 215                 "AttrDataset only supports dtypes as samples that have a "<br>
>      216                 "`dtype` attribute that behaves similar to the one of an "<br>
>      217                 "array-like.")<br>
<br>
>  ValueError: AttrDataset only supports dtypes as samples that have a `dtype` attribute that behaves similar to the one of an array-like.<br>
<br>
</span>good way to troubleshoot such troubles when working in ipython, is to<br>
enable pdb (just type %pdb) so it would fall into debugger right at that<br>
point.  Then you could inspect<br>
<br>
(Pdb) print samples<br>
(0.26726124191242479, 0.010880186798833041)<br>
<br>
to get a hint that pearsonr returns a tuple of both correlation and p value.<br>
It still smells like a bug in PyMVPA that we don't wrap it up properly but as<br>
an overcome you would just need to choose which one to use, e.g.<br>
<br>
errorfx=lambda x,y: pearsonr(x,y)[0],<br>
<br>
But then let's get back altogether to your analysis -- you are using a<br>
classifier, so dealing with classes and then using correlation coefficient as a<br>
measure (for ordered data) -- doesn't sound quite right unless there is some<br>
agenda behind your dataset's targets ;)<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
--<br>
Yaroslav O. Halchenko, Ph.D.<br>
<a href="http://neuro.debian.net" target="_blank">http://neuro.debian.net</a> <a href="http://www.pymvpa.org" target="_blank">http://www.pymvpa.org</a> <a href="http://www.fail2ban.org" target="_blank">http://www.fail2ban.org</a><br>
Research Scientist,            Psychological and Brain Sciences Dept.<br>
Dartmouth College, 419 Moore Hall, Hinman Box 6207, Hanover, NH 03755<br>
Phone: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-9834" value="+16036469834">+1 (603) 646-9834</a>                       Fax: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-1419" value="+16036461419">+1 (603) 646-1419</a><br>
WWW:   <a href="http://www.linkedin.com/in/yarik" target="_blank">http://www.linkedin.com/in/yarik</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>