<div dir="ltr">Hello,<div>Unfortunately it did not remove the nan's vectors.</div><div><br></div><div>I've also tried to remove those specific scans from the samples list,</div><div>It still created nan vectors out of different scans.</div><div><br></div><div>Do you have any idea what can i do to remove/avoid those from the dataset?</div><div><br></div><div>My code looks like so:</div><div><br></div><div>attr =  SampleAttributes (os.path.join(source, map_name))</div><div>fds = fmri_dataset(samples=os.path.join(source,map_name), targets=attr.targets, chunks=attr.chunks)</div><div>int = numpy.array([l in ['221','211','23'] for l in fds.sa.targets])<br></div><div>fds = fds[int]</div><div>zscore(fds, param_est=('targets',['23']), chunks_attr='chunks')</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Gal Star</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Jan 18, 2015 at 7:40 PM, Yaroslav Halchenko <span dir="ltr"><<a href="mailto:debian@onerussian.com" target="_blank">debian@onerussian.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><br>
On Sun, 18 Jan 2015, gal star wrote:<br>
<br>
>    Hello,<br>
>    Im using zscore, and i receive the following exception:<br>
>    " Some input data for predict is not finite (Nan or Inf)".<br>
>    I've checked my pre-processed nifti files - they don't include Nan values,<br>
>    and yet after using zscore i get that the dataset includes Nan values.<br>
</span>>    How can i fix this situation so i could move forward withA<br>
<span class="">>    the processing in my script?<br>
</span>>    I've attached the script i'm using.A<br>
<br>
you must have some invariant (absent variance) features/voxels.  Use<br>
remove_invariant_features  to strip those away first<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
Yaroslav O. Halchenko, Ph.D.<br>
<a href="http://neuro.debian.net" target="_blank">http://neuro.debian.net</a> <a href="http://www.pymvpa.org" target="_blank">http://www.pymvpa.org</a> <a href="http://www.fail2ban.org" target="_blank">http://www.fail2ban.org</a><br>
Research Scientist,            Psychological and Brain Sciences Dept.<br>
Dartmouth College, 419 Moore Hall, Hinman Box 6207, Hanover, NH 03755<br>
Phone: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-9834" value="+16036469834">+1 (603) 646-9834</a>                       Fax: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-1419" value="+16036461419">+1 (603) 646-1419</a><br>
WWW:   <a href="http://www.linkedin.com/in/yarik" target="_blank">http://www.linkedin.com/in/yarik</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>