<div dir="ltr">Hi PyMVPA users,<div><br></div><div>I'm trying to perform some surfaced-based pattern analysis and I'm not sure how to correlate the 3D volumetric coordinates with the 2D surface coordinates.</div><div><br></div><div>My general processing workflow is like:<br></div><div><br></div><div>1) Reconstruct the cortical surface in Freesurfer (recon-all) using a high res anatomical image </div><div>2) Preprocess the functional data and align the generated cortical surfaces to the functional data using prep_afni_surf.py </div><div>3) Generate a 3D map of activations of the ventral temporal (VT) cortex in SPM and overlay the activation maps on the functional image</div><div>4) Check the reconstructed cortical surfaces and the surface alignment using AFNI and SUMA:</div><div>    -  I found out that coregistration results were pretty good and the activation maps were projected on the surface reasonably </div><div>5) <b>My question is: For each voxel of interest inside of the VT cortex, I'd like to get the corresponding surface coordinates. My impression is that SUMA is used for visualization only, so is there any method that I could use to extract certain information? </b></div><div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Any help would be greatly appreciated!</div></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Best,</div><div style="font-size:12.8000001907349px">Xixi</div></div>