<div dir="ltr">On 30 June 2015 at 21:02, John Baublitz <span dir="ltr"><<a href="mailto:jbaub@bu.edu" target="_blank">jbaub@bu.edu</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thank you for the quick response! I met with my lab today and they are looking to have the option of either outputting a NIftI file, which was indeed solved using 'volume' for output_modality in the query engine OR, preferably, outputting a FreeSurfer-compatible surface file with the PyMVPA searchlight results as we are looking to visualize it ultimately on the surface. The former is working with your suggestion. The latter is not working. I am using surf.write() with an .asc extension for the output file but when passing in the surface-based searchlight output dataset, it errors out while trying to convert it to a surface. </div></blockquote><div><br></div><div>.asc is for 'anatomical' surface files, that is surfaces that have vertices (points in 3D space) and faces (lists of 3 node indices that define which nodes make up a triangle together). </div><div><br></div><div>Surface-based searchlight results are stored in a PyMPVA dataset structure that has, amongst other things, fields .samples and .fa. If "ds" is such a dataset structure, you can write it using:</div><div><br></div><div>niml.write('output.niml.dset',ds);</div><div><br></div><div>assuming you imported the niml module (one way to do this is with "from mvpa2.suite import *"). Also see [1]</div><div><br></div><div>I hope that clarifies matters. </div><div><br></div><div>[1] <a href="http://www.pymvpa.org/examples/searchlight_surf.html">http://www.pymvpa.org/examples/searchlight_surf.html</a></div><div><br></div></div></div></div>