<div dir="ltr"><div class="gmail_quote">Thank you very much for the support. Unfortunately I have tried using this GIFTI file that it outputs with FreeSurfer as an overlay and surface and it throws errors for all FreeSurfer utils and even AFNI utils. FreeSurfer mris_convert outputs:</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">mriseadGIFTIfile: mris is NULL! found when parsing file f_mvpa_rh.func.gii<br></div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">This seems to indicate that it is not saving it as a surface file. Likewise AFNI's gifti_tool outputs:</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote"><div class="gmail_quote">** failed to find coordinate/triangle structs</div><div><br></div><div>How exactly is the data being stored in the GIFTI file? It seems that it is not saving it as triangles and coordinates even based on the code you linked to in the github commit given that the NIFTI intent codes are neither NIFTI_INTENT_POINTSET nor NIFTI_INTENT_TRIANGLE by default. I've also run into a problem where the dataset that I've loaded has no intent codes and unfortunately it appears that this means that the NIFTI intent code is set to NIFTI_INTENT_NONE. Is there any way to work around these problems?</div></div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">On Jul 28, 2015 8:01 AM, "Nick Oosterhof" <<a href="mailto:n.n.oosterhof@googlemail.com" target="_blank">n.n.oosterhof@googlemail.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
> On 23 Jul 2015, at 17:38, Nick Oosterhof <<a href="mailto:n.n.oosterhof@googlemail.com" target="_blank">n.n.oosterhof@googlemail.com</a>> wrote:<br>
><br>
><br>
>> is there a utility to convert from SUMA surface files to FreeSurfer surface files included in PyMVPA?<br>
><br>
> ConvertDset (included with AFNI) can convert between NIML and GIFTI, and mris_convert (included with Freesufer) can convert between GIFTI and a variety of other file formats used in FreeSurfer.<br>
<br>
With the latest code on github [1] there is now basic support for GIFTI datasets in PyMVPA [2].<br>
<br>
[1] <a href="https://github.com/PyMVPA/PyMVPA" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/PyMVPA/PyMVPA</a><br>
[2] <a href="https://github.com/PyMVPA/PyMVPA/commit/05ebdda025401148425a7894b3a14ea73b932dfc" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/PyMVPA/PyMVPA/commit/05ebdda025401148425a7894b3a14ea73b932dfc</a><br>
_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org" target="_blank">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</blockquote></div>
</div>