<div dir="ltr">Sorry for the delay. I have been traveling. I did not try to load them as both at the same time. I tried to load it as a surface and that threw an error in FreeSurfer (mris is NULL) and then I tried to load it as a volume and it didn't load either (no overlay data found in file). I am still struggling to figure out exactly how I should be loading this data. Is this a better question for FreeSurfer's mailing list? I'm not entirely sure as it seems possible that it could be either a format output issue (PyMVPA) or a FreeSurfer-specific issue.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 30, 2015 at 5:27 AM, Nick Oosterhof <span dir="ltr"><<a href="mailto:n.n.oosterhof@googlemail.com" target="_blank">n.n.oosterhof@googlemail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><br>
> On 29 Jul 2015, at 20:57, John Baublitz <<a href="mailto:jbaub@bu.edu">jbaub@bu.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> Thank you very much for the support. Unfortunately I have tried using this GIFTI file that it outputs with FreeSurfer as an overlay and surface<br>
<br>
</span>Both at the same time?<br>
<span class=""><br>
> and it throws errors for all FreeSurfer utils and even AFNI utils. FreeSurfer mris_convert outputs:<br>
><br>
> mriseadGIFTIfile: mris is NULL! found when parsing file f_mvpa_rh.func.gii<br>
><br>
> This seems to indicate that it is not saving it as a surface file. Likewise AFNI's gifti_tool outputs:<br>
><br>
> ** failed to find coordinate/triangle structs<br>
><br>
> How exactly is the data being stored in the GIFTI file? It seems that it is not saving it as triangles and coordinates even based on the code you linked to in the github commit given that the NIFTI intent codes are neither NIFTI_INTENT_POINTSET nor NIFTI_INTENT_TRIANGLE by default.<br>
<br>
</span>For your current purposes (visualizing surface-based data), consider there are two types of "surface" GIFTI files:<br>
<br>
1) "functional" node-data, where each node is associated with the same number of values. Examples are time series data or statistical maps. Typical extensions are .func.gii or .time.gii.<br>
2) "anatomical" surfaces, that have coordinates in 3D space (with NIFTI_INTENT_POINTSET) and node indices in face information (with NIFTI_INTENT_TRIANGLE). The typical extension is surf.gii.<br>
<br>
In PyMVPA:<br>
(1) "functional" surface data is handled through mvpa2.datasets.gifti. Data is stored in a Dataset instance.<br>
(2) "anatomical" surfaces are handled through mvpa2.support.nibabel.surf (for GIFTI, mvpa2.support.nibabel.surf_gifti). Vertex coordinates and face indices are stored in a Surface instance (from mvpa2.support.nibabel.surf)<br>
<br>
(I'm aware that documentation about this distinction can be improved in PyMVPA).<br>
<span class=""><br>
> I've also run into a problem where the dataset that I've loaded has no intent codes and unfortunately it appears that this means that the NIFTI intent code is set to NIFTI_INTENT_NONE.<br>
<br>
</span>Why is that a problem? What are you trying to achieve? If the dataset has no intent, then NIFTI_INTENT_NONE seems valid to me, as the GIFTI standard describes this as "Data intent not specified".<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>