<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-family: 宋体, sans-serif; font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0);">
<div>
<div>The .so files are found in site-packages/mvpa2/clfs file.</div>
<div>Strange thing is, even those files are in the mvpa2 module, when I called out mvpa2.wtf(), it shows that libsvm has not been loaded yet. I used ‘from mvpa2.suite import *’ to load the module.</div>
<div><br>
</div>
<div>There are two warnings when I loaded the module, and not sure if those could help:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<blockquote style="margin:0 0 0 40px; border:none; padding:0px;">
<div><i>/Users/tumo/anaconda/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/utils.py:95: DeprecationWarning: `scipy.weave` is deprecated, use `weave` instead!</i></div>
<div><i>warnings.warn(depdoc, DeprecationWarning)</i></div>
<div><i>/Users/tumo/anaconda/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/utils.py:95: DeprecationWarning: `scipy.linalg.calc_lwork` is deprecated!</i></div>
<div><i><br>
</i></div>
<div><i><br>
</i></div>
<div><i>calc_lwork was an internal module in Scipy and has been removed.</i></div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Several functions in scipy.linalg.lapack have *_lwork variants</div>
<div>that perform the lwork calculation (from Scipy >= 0.15.0), or</div>
<div>allow passing in LWORK=-1 argument to perform the computation.</div>
<div><br>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Here you are the wtf() output:</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div><i>Current date: 2015-09-24 12:51</i></div>
<div><i>PyMVPA:</i></div>
<div><i>Version: 2.4.0</i></div>
<div><i>Hash: $Format:%H$</i></div>
<div><i>Path: /Users/tumo/anaconda/lib/python2.7/site-packages/mvpa2/__init__.pyc</i></div>
<div><i>Version control (GIT):</i></div>
<div><i>GIT information could not be obtained due "/Users/tumo/anaconda/lib/python2.7/site-packages/mvpa2/.. is not under GIT"</i></div>
<div><i>SYSTEM:</i></div>
<div><i>OS: posix Darwin 14.5.0 Darwin Kernel Version 14.5.0: Wed Jul 29 02:26:53 PDT 2015; root:xnu-2782.40.9~1/RELEASE_X86_64</i></div>
<div><i>Distribution: 10.10.5/x86_64</i></div>
<div><i>EXTERNALS:</i></div>
<div><i>Present: cPickle, ctypes, good scipy.stats.rv_continuous._reduce_func(floc,fscale), good scipy.stats.rv_discrete.ppf, griddata, gzip, h5py, hdf5, ipython, libsvm verbosity control, lxml, matplotlib, mock, nose, numpy, numpy_correct_unique, pylab, pylab
 plottable, running ipython env, scipy, skl, statsmodels, weave</i></div>
<div><i>Absent: atlas_fsl, atlas_pymvpa, cran-energy, elasticnet, glmnet, good scipy.stats.rdist, hcluster, joblib, lars, liblapack.so, libsvm, mass, mdp, mdp ge 2.4, nibabel, nipy, nipy.neurospin, numpydoc, openopt, pprocess, pywt, pywt wp reconstruct, pywt
 wp reconstruct fixed, reportlab, rpy2, sg ge 0.6.4, sg ge 0.6.5, sg_fixedcachesize, shogun, shogun.krr, shogun.lightsvm, shogun.mpd, shogun.svmocas, shogun.svrlight</i></div>
<div><i>Versions of critical externals:</i></div>
<div><i>ctypes : 1.1.0</i></div>
<div><i>h5py : 2.5.0</i></div>
<div><i>hdf5 : 1.8.15</i></div>
<div><i>ipython : 3.2.0</i></div>
<div><i>lxml : 3.4.4</i></div>
<div><i>matplotlib : 1.4.3</i></div>
<div><i>mock : 1.0.1</i></div>
<div><i>numpy : 1.9.2</i></div>
<div><i>scipy : 0.15.1</i></div>
<div><i>skl : 0.16.1</i></div>
<div><i>Matplotlib backend: MacOSX</i></div>
<div><i>RUNTIME:</i></div>
<div><i>PyMVPA Environment Variables:</i></div>
<div><i>PYTHONEXECUTABLE : "/Users/tumo/anaconda/bin/python"</i></div>
<div><i>PyMVPA Runtime Configuration:</i></div>
<div><i>[general]</i></div>
<div><i>verbose = 1</i></div>
<div></div>
<div><i>[externals]</i></div>
<div><i>have running ipython env = yes</i></div>
<div><i>have ipython = yes</i></div>
<div><i>have numpy = yes</i></div>
<div><i>have scipy = yes</i></div>
<div><i>have matplotlib = yes</i></div>
<div><i>have h5py = yes</i></div>
<div><i>have reportlab = no</i></div>
<div><i>have weave = yes</i></div>
<div><i>have good scipy.stats.rdist = no</i></div>
<div><i>have good scipy.stats.rv_discrete.ppf = yes</i></div>
<div><i>have good scipy.stats.rv_continuous._reduce_func(floc,fscale) = yes</i></div>
<div><i>have pylab = yes</i></div>
<div><i>have lars = no</i></div>
<div><i>have elasticnet = no</i></div>
<div><i>have glmnet = no</i></div>
<div><i>have skl = yes</i></div>
<div><i>have ctypes = yes</i></div>
<div><i>have libsvm = no</i></div>
<div><i>have shogun = no</i></div>
<div><i>have openopt = no</i></div>
<div><i>have nibabel = no</i></div>
<div><i>have mdp = no</i></div>
<div><i>have mdp ge 2.4 = no</i></div>
<div><i>have nipy = no</i></div>
<div><i>have statsmodels = yes</i></div>
<div><i>have pywt = no</i></div>
<div><i>have cpickle = yes</i></div>
<div><i>have gzip = yes</i></div>
<div><i>have cran-energy = no</i></div>
<div><i>have griddata = yes</i></div>
<div><i>have nipy.neurospin = no</i></div>
<div><i>have lxml = yes</i></div>
<div><i>have atlas_fsl = no</i></div>
<div><i>have atlas_pymvpa = no</i></div>
<div><i>have hcluster = no</i></div>
<div><i>have hdf5 = yes</i></div>
<div><i>have joblib = no</i></div>
<div><i>have liblapack.so = no</i></div>
<div><i>have libsvm verbosity control = yes</i></div>
<div><i>have mass = no</i></div>
<div><i>have mock = yes</i></div>
<div><i>have nose = yes</i></div>
<div><i>have numpy_correct_unique = yes</i></div>
<div><i>have numpydoc = no</i></div>
<div><i>have pprocess = no</i></div>
<div><i>have pylab plottable = yes</i></div>
<div><i>have pywt wp reconstruct = no</i></div>
<div><i>have pywt wp reconstruct fixed = no</i></div>
<div><i>have rpy2 = no</i></div>
<div><i>have sg ge 0.6.4 = no</i></div>
<div><i>have sg ge 0.6.5 = no</i></div>
<div><i>have sg_fixedcachesize = no</i></div>
<div><i>have shogun.krr = no</i></div>
<div><i>have shogun.lightsvm = no</i></div>
<div><i>have shogun.mpd = no</i></div>
<div><i>have shogun.svmocas = no</i></div>
<div><i>have shogun.svrlight = no</i></div>
<div><br>
</div>
</div>
<div> </div>
<div>
<div id="MAC_OUTLOOK_SIGNATURE">
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>On 9/24/15, 5:57 AM, "Pkg-ExpPsy-PyMVPA on behalf of Nick Oosterhof" <<a href="mailto:pkg-exppsy-pymvpa-bounces+guangsheng.liang=ttu.edu@lists.alioth.debian.org">pkg-exppsy-pymvpa-bounces+guangsheng.liang=ttu.edu@lists.alioth.debian.org</a> on behalf of
<a href="mailto:n.n.oosterhof@googlemail.com">n.n.oosterhof@googlemail.com</a>> wrote:</div>
<div><br>
</div>
<blockquote id="MAC_OUTLOOK_ATTRIBUTION_BLOCKQUOTE" style="BORDER-LEFT: #b5c4df 5 solid; PADDING:0 0 0 5; MARGIN:0 0 0 5;">
<div><br>
</div>
<blockquote id="MAC_OUTLOOK_ATTRIBUTION_BLOCKQUOTE" style="BORDER-LEFT: #b5c4df 5 solid; PADDING:0 0 0 5; MARGIN:0 0 0 5;">
<div>On 24 Sep 2015, at 11:45, Liang, Guangsheng <<a href="mailto:guangsheng.liang@ttu.edu">guangsheng.liang@ttu.edu</a>> wrote:</div>
<div></div>
<div>Yes, I do find smlrc.so, and _svmc.so file after installing anaconda on my computer.
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>Are these in the ${PYMVPA_ROOT}/mvpa2 directory, or in a ${PYMVPA_ROOT}//build/*/mvpa2 directory? In the latter case, you may have to copy them to the ${PYMVPA_ROOT}/mvpa2 directory.
</div>
<div>In more detail, as described earlier [1], I noticed that when running python setup.py build_ext on OSX, the output is stored in the build directory. Manually copying the files to the mvpa2 directory made them accessible in PyMVPA. Specifically, the following
 worked when run from the PyMVPA root directory:</div>
<div><br>
</div>
<div>    for ext in .so .o; do for i in `find build -iname "*${ext}"`; do j=`echo $i | cut -f3- -d/`; cp $i $j; done; done</div>
<div><br>
</div>
<div>Can you try and see if that resolves the issue? If it does not, can you provide the full error message and also, from within python/ipython, the output of:</div>
<div><br>
</div>
<div>    import mvpa2</div>
<div>    mvpa2.wtf()</div>
<div><br>
</div>
<div>[1] <a href="http://lists.alioth.debian.org/pipermail/pkg-exppsy-pymvpa/2015q3/003176.html">
http://lists.alioth.debian.org/pipermail/pkg-exppsy-pymvpa/2015q3/003176.html</a></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>_______________________________________________</div>
<div>Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list</div>
<div><a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org</a></div>
<div><a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa">http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa</a></div>
<div><br>
</div>
</blockquote>
</body>
</html>