<div dir="ltr">Hi, <div><br></div><div>Finally found some time to work with mvpa again. However, despite my impression that I am now decently familiar with pymvpa2, I realized that I can not open and close a file. </div><div><br></div><div>This is what I do:</div><div><br></div><div>dhandle = OpenFMRIDataset(data_path)<br></div><div><div>ds = dhandle.get_model_bold_dataset(model_id=1,</div><div>                                        subj_id=subj,</div><div>                                        noinfolabel='rest',</div><div>                                        mask=atlas_mask_file)</div></div><div><div>tmp = map2nifti(ds, data=ds.samples[0])</div><div>tmp.to_filename("one_ds_sample.nii.gz")</div></div><div><br></div><div>Shouldn't this work??? The output is complete garbage. The image as the correct dimension, but the data is just frantically smeared all across space.</div><div><div><br></div><div>ds.a.mapper looks good to me:</div><div>ChainMapper(nodes=[FlattenMapper(shape=(80, 91, 40), auto_train=True, space='voxel_indices'), StaticFeatureSelection(dshape=(291200,), slicearg=array([False, False, False, ..., False, False, False], dtype=bool))])</div></div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div>Wolfgang</div><div><br></div></div>