<div dir="ltr"><div><div><div>Hi,<br></div>Does this answer your question? <a href="http://www.pymvpa.org/tutorial_significance.html#avoiding-the-trap-or-advanced-magic-101">http://www.pymvpa.org/tutorial_significance.html#avoiding-the-trap-or-advanced-magic-101</a><br><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 19, 2017 at 8:18 PM, Michael Bannert <span dir="ltr"><<a href="mailto:mbannert@tuebingen.mpg.de" target="_blank">mbannert@tuebingen.mpg.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
<br>
I would like to use permutation testing for spatially aligned<br>
across-subject decoding. I have one vector of beta estimates per run<br>
(aka chunks) and per subject. Hence I figured it would be wise to<br>
permute within subjects and runs.<br>
<br>
I can achieve this (I think) if I use AttributePermutator in this way:<br>
<br>
permutator = AttributePermutator(attr='<wbr>targets', limit=['subject',<br>
'chunks'], count=n_perm)<br>
<br>
According to the debugging information provided when setting the 'APERM'<br>
option, the permutations that are produced look reasonable.<br>
<br>
However, I would also like to permute only the training data. How can I<br>
accomplish this?<br>
<br>
I tried something like this:<br>
<br>
permutator = AttributePermutator(attr='<wbr>targets', limit={<br>
         'partitions': 1, 'subject': range(n_subj), 'chunks':<br>
['run%02.f' % j for j in range(1, n_runs + 1)]},<br>
          count=1)<br>
<br>
... but it doesn't work.<br>
<br>
I guess I am not very clear on what the documentation of<br>
AttributePermutator has to say about the limit argument.<br>
<br>
Could anyone help?<br>
<br>
Thanks & best,<br>
Michael<br>
<br>
<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.<wbr>alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.<wbr>org/cgi-bin/mailman/listinfo/<wbr>pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</blockquote></div><br></div>