<div dir="ltr">They are (that's why I used sorted())<div><br></div><div>Thanks a lot!</div><div>Anna</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 26, 2017 at 1:27 PM, Yaroslav Halchenko <span dir="ltr"><<a href="mailto:debian@onerussian.com" target="_blank">debian@onerussian.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><br>
On Tue, 26 Sep 2017, Anna Manelis wrote:<br>
<br>
> Dear PYMVPA experts,<br>
<br>
> I plan to use PYMVPA to classify 2 groups of subjects (patients and<br>
> controls). The inputs are betas  that come from the FSL- based analysis<br>
> (i.e., cope.nii.gz). I use the SVM classifier in a specific mask on 100<br>
> selected features.<br>
<br>
> Could you please confirm that a short script below is correct:<br>
<br>
> # copes  are taken from /subject/feet/reg_standard/<wbr>stats/ folder for each<br>
> subject.  For this example, they were copied to sub001, sub002, etc<br>
> folders. There is a total of N=10 subjects (in this example).<br>
> # I assume that each subject in a group is a chunk. Is that correct?<br>
<br>
<br>
<br>
</span><span class="">> from glob import glob<br>
> import os<br>
> import numpy as np<br>
> from mvpa2.suite import*<br>
<br>
> labels=['hc','hc','hc','hc','<wbr>hc','pt','pt','pt','pt','pt']<br>
> chunks=[1,2,3,4,5,1,2,3,4,5]    # Subject numbering within each group<br>
<br>
> copes=sorted(glob('/path/to/<wbr>data/sub0*/cope14.nii.gz'))   # Collect file<br>
<br>
</span>looks correctish assuming that your subjects ordered that there is first<br>
5 hc's and then 5 pt's<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
Yaroslav O. Halchenko<br>
Center for Open Neuroscience     <a href="http://centerforopenneuroscience.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://<wbr>centerforopenneuroscience.org</a><br>
Dartmouth College, 419 Moore Hall, Hinman Box 6207, Hanover, NH 03755<br>
Phone: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-9834" value="+16036469834">+1 (603) 646-9834</a>                       Fax: <a href="tel:%2B1%20%28603%29%20646-1419" value="+16036461419">+1 (603) 646-1419</a><br>
WWW:   <a href="http://www.linkedin.com/in/yarik" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.linkedin.com/in/<wbr>yarik</a><br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.<wbr>alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.<wbr>org/cgi-bin/mailman/listinfo/<wbr>pkg-exppsy-pymvpa</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>