<div dir="ltr">Many thanks. A last question: I might go for the classical approach of t-testing, and keeping the results per voxel which are significant against chance level - say however that this is given for a certain voxel, how is its accuracy then determined based on the subjects accuracy? Would that be an average?</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Oct 21, 2017 at 7:27 AM, Nick Oosterhof <span dir="ltr"><<a href="mailto:n.n.oosterhof@googlemail.com" target="_blank">n.n.oosterhof@googlemail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span class="">On 20 October 2017 at 21:28, Pegah Kassraian Fard <span dir="ltr"><<a href="mailto:pegahkf@gmail.com" target="_blank">pegahkf@gmail.com</a>></span> wrote:<br></span><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Many thanks, very useful indeed. A related question: So the input to the groupwise calculations are the permutated searchlight maps from single subjects - and computation-wise this seems to me to be quite a bottleneck, given that one whole brain searchlight already takes several hours. Is there any way to speed up this part?</div></blockquote><div><br></div></span><div>You could use a faster classifier combined with the searchlight, in particular a gaussian naive bayesian (GNB) classifier; see <a href="http://www.pymvpa.org/generated/mvpa2.measures.gnbsearchlight.GNBSearchlight.html" target="_blank">http://www.pymvpa.org/<wbr>generated/mvpa2.measures.<wbr>gnbsearchlight.GNBSearchlight.<wbr>html</a> </div><div><br></div><div>For typical fMRI data GNB tends to be less accurate than linear SVM, in other words there is a speed - accuracy trade-off.</div></div></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.<wbr>alioth.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.<wbr>org/cgi-bin/mailman/listinfo/<wbr>pkg-exppsy-pymvpa</a><br></blockquote></div><br></div>