<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 27 October 2017 at 13:19, Pegah Kassraian Fard <span dir="ltr"><<a href="mailto:pegahkf@gmail.com" target="_blank">pegahkf@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I have a very basic question regarding the provided t-test (<a href="http://www.pymvpa.org/generated/cmd_ttest.html" target="_blank">http://www.pymvpa.org/<wbr>generated/cmd_ttest.html</a>) which I want to apply to my searchlight results:</div><div>Why exactly is there no parameter for the alpha value? </div></div></blockquote><div><br></div><div>Although I did not implement this function myself, my best guess is that it would have been more work to implement.</div><div><br></div><div>However, the output can be set to represent p-values, so it should be trivial to identify (mask) voxels that pass (or do not pass) a specific alpha level.<br></div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I guess accordingly, that this t-test is not corrected for multiple comparisons?</div></div></blockquote><div><br></div><div>As far is I can see, indeed, it does not.</div><div><br></div><div>For multiple comparisons, consider: <a href="http://www.pymvpa.org/generated/mvpa2.algorithms.group_clusterthr.GroupClusterThreshold.html">http://www.pymvpa.org/generated/mvpa2.algorithms.group_clusterthr.GroupClusterThreshold.html</a></div><div><br></div></div></div></div>