<div dir="ltr">Hi Marco,<div>AFAIK, there is no support for parallelization at the level of cross-validation. Usually for a small ROI (such a searchlight) and with standard CV schemes, the process is quite fast, and the bottleneck is really the number of searchlights to be computed (for which parallelization exists).</div><div> </div><div>In my experience, we tend to parallelize at the level of individual participants; for example we might set up a searchlight analysis with however n_procs you can have, and then submit one such job for every participant to a cluster (using either torque or condor).</div><div><br></div><div>HTH,</div><div>Matteo<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Nov 9, 2017 at 4:08 AM, marco tettamanti <span dir="ltr"><<a href="mailto:mrctttmnt@gmail.com" target="_blank">mrctttmnt@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
forgive me if this has already been asked in the past, but I was wondering whether there has been any development meanwhile.<br>
<br>
Are there any chances that one can generally apply parallel computing (multiple CPUs or clusters) with pymvpa2, in addition to what is already implemented for searchlight (pprocess)? That is, also for general cross-validation, nested cross-validation, permutation testing, RFE, etc.?<br>
<br>
Has anyone had succesful experience with parallelization schemes such as ipyparallel, condor or else?<br>
<br>
Thank you and best wishes!<br>
Marco<br>
<br>
-- <br>
Marco Tettamanti, Ph.D.<br>
Nuclear Medicine Department & Division of Neuroscience<br>
IRCCS San Raffaele Scientific Institute<br>
<a href="https://maps.google.com/?q=Via+Olgettina+58&entry=gmail&source=g">Via Olgettina 58</a><br>
I-20132 Milano, Italy<br>
Phone <a href="tel:%2B%2B39-02-26434888" value="+390226434888" target="_blank">++39-02-26434888</a><br>
Fax <a href="tel:%2B%2B39-02-26434892" value="+390226434892" target="_blank">++39-02-26434892</a><br>
Email: <a href="mailto:tettamanti.marco@hsr.it" target="_blank">tettamanti.marco@hsr.it</a><br>
Skype: mtettamanti<br>
<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Pkg-ExpPsy-PyMVPA mailing list<br>
<a href="mailto:Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth.debian.org" target="_blank">Pkg-ExpPsy-PyMVPA@lists.alioth<wbr>.debian.org</a><br>
<a href="http://lists.alioth.debian.org/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-exppsy-pymvpa" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.alioth.debian.org<wbr>/cgi-bin/mailman/listinfo/pkg-<wbr>exppsy-pymvpa</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px">Matteo Visconti di Oleggio Castello<br>Ph.D. Candidate in Cognitive Neuroscience<br>Dartmouth College<br><br><span title="Call with Google Voice">+1 (603) 646-8665</span></div><div style="font-size:12.8px"><a href="http://mvdoc.me/" target="_blank">mvdoc.me</a> || <a href="http://github.com/mvdoc" target="_blank">github.com/mvdoc</a> || <a href="http://linkedin.com/in/matteovisconti" style="font-size:12.8px" target="_blank">linkedin.com/in/matteovisconti</a></div></div></div></div></div></div></div>
</div>