[Qa-jenkins-scm] Build failed in Jenkins: reproducible_builder_amd64_11 #39795

Sat May 28 10:37:01 UTC 2016

See <https://jenkins.debian.net/job/reproducible_builder_amd64_11/39795/>

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[...truncated 1531 lines...]
Dépaquetage de libicu55:amd64 (55.1-7) ...
Sélection du paquet libxml2:amd64 précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../libxml2_2.9.3+dfsg1-1_amd64.deb ...
Dépaquetage de libxml2:amd64 (2.9.3+dfsg1-1) ...
Sélection du paquet libsigsegv2:amd64 précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../libsigsegv2_2.10-5_amd64.deb ...
Dépaquetage de libsigsegv2:amd64 (2.10-5) ...
Sélection du paquet m4 précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../archives/m4_1.4.17-5_amd64.deb ...
Dépaquetage de m4 (1.4.17-5) ...
Sélection du paquet autoconf précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../autoconf_2.69-10_all.deb ...
Dépaquetage de autoconf (2.69-10) ...
Sélection du paquet autotools-dev précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../autotools-dev_20160430.1_all.deb ...
Dépaquetage de autotools-dev (20160430.1) ...
Sélection du paquet automake précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../automake_1%3a1.15-4_all.deb ...
Dépaquetage de automake (1:1.15-4) ...
Sélection du paquet autopoint précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../autopoint_0.19.7-2_all.deb ...
Dépaquetage de autopoint (0.19.7-2) ...
Sélection du paquet libffi6:amd64 précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../libffi6_3.2.1-4_amd64.deb ...
Dépaquetage de libffi6:amd64 (3.2.1-4) ...
Sélection du paquet libglib2.0-0:amd64 précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../libglib2.0-0_2.48.1-1_amd64.deb ...
Dépaquetage de libglib2.0-0:amd64 (2.48.1-1) ...
Sélection du paquet libcroco3:amd64 précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../libcroco3_0.6.11-1_amd64.deb ...
Dépaquetage de libcroco3:amd64 (0.6.11-1) ...
Sélection du paquet gettext précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../gettext_0.19.7-2_amd64.deb ...
Dépaquetage de gettext (0.19.7-2) ...
Sélection du paquet intltool-debian précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../intltool-debian_0.35.0+20060710.4_all.deb ...
Dépaquetage de intltool-debian (0.35.0+20060710.4) ...
Sélection du paquet po-debconf précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../po-debconf_1.0.19_all.deb ...
Dépaquetage de po-debconf (1.0.19) ...
Sélection du paquet libarchive-zip-perl précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../libarchive-zip-perl_1.57-1_all.deb ...
Dépaquetage de libarchive-zip-perl (1.57-1) ...
Sélection du paquet libfile-stripnondeterminism-perl précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../libfile-stripnondeterminism-perl_0.016-1_all.deb ...
Dépaquetage de libfile-stripnondeterminism-perl (0.016-1) ...
Sélection du paquet libtimedate-perl précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../libtimedate-perl_2.3000-2_all.deb ...
Dépaquetage de libtimedate-perl (2.3000-2) ...
Sélection du paquet dh-strip-nondeterminism précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../dh-strip-nondeterminism_0.016-1_all.deb ...
Dépaquetage de dh-strip-nondeterminism (0.016-1) ...
Sélection du paquet libtool précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../libtool_2.4.6-0.1_all.deb ...
Dépaquetage de libtool (2.4.6-0.1) ...
Sélection du paquet dh-autoreconf précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../dh-autoreconf_12_all.deb ...
Dépaquetage de dh-autoreconf (12) ...
Sélection du paquet debhelper précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../debhelper_9.20160403_all.deb ...
Dépaquetage de debhelper (9.20160403) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour libc-bin (2.22-9) ...
Paramétrage de groff-base (1.22.3-7) ...
Paramétrage de libbsd0:amd64 (0.8.3-1) ...
Paramétrage de bsdmainutils (9.0.10) ...
update-alternatives: utilisation de « /usr/bin/bsd-write » pour fournir « /usr/bin/write » (write) en mode automatique
update-alternatives: utilisation de « /usr/bin/bsd-from » pour fournir « /usr/bin/from » (from) en mode automatique
Paramétrage de libpipeline1:amd64 (1.4.1-2) ...
Paramétrage de man-db (2.7.5-1) ...
Building database of manual pages ...
Paramétrage de libunistring0:amd64 (0.9.3-5.2+b1) ...
Paramétrage de libmagic1:amd64 (1:5.25-2) ...
Paramétrage de file (1:5.25-2) ...
Paramétrage de gettext-base (0.19.7-2) ...
Paramétrage de libicu55:amd64 (55.1-7) ...
Paramétrage de libxml2:amd64 (2.9.3+dfsg1-1) ...
Paramétrage de libsigsegv2:amd64 (2.10-5) ...
Paramétrage de m4 (1.4.17-5) ...
Paramétrage de autoconf (2.69-10) ...
Paramétrage de autotools-dev (20160430.1) ...
Paramétrage de automake (1:1.15-4) ...
update-alternatives: utilisation de « /usr/bin/automake-1.15 » pour fournir « /usr/bin/automake » (automake) en mode automatique
Paramétrage de autopoint (0.19.7-2) ...
Paramétrage de libffi6:amd64 (3.2.1-4) ...
Paramétrage de libglib2.0-0:amd64 (2.48.1-1) ...
No schema files found: doing nothing.
Paramétrage de libcroco3:amd64 (0.6.11-1) ...
Paramétrage de gettext (0.19.7-2) ...
Paramétrage de intltool-debian (0.35.0+20060710.4) ...
Paramétrage de po-debconf (1.0.19) ...
Paramétrage de libarchive-zip-perl (1.57-1) ...
Paramétrage de libfile-stripnondeterminism-perl (0.016-1) ...
Paramétrage de libtimedate-perl (2.3000-2) ...
Paramétrage de libtool (2.4.6-0.1) ...
Paramétrage de dh-strip-nondeterminism (0.016-1) ...
Paramétrage de debhelper (9.20160403) ...
Paramétrage de dh-autoreconf (12) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour libc-bin (2.22-9) ...
Lecture des listes de paquets...
Construction de l'arbre des dépendances...
Lecture des informations d'état...
Lecture de l'information d'état étendu...
Initialisation de l'état des paquets...
Écriture de l'information d'état étendu...
Construction de la base de données des étiquettes...
 -> Finished parsing the build-deps
Lecture des listes de paquets…
Construction de l'arbre des dépendances…
Lecture des informations d'état…
fakeroot is already the newest version (1.20.2-1).
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
I: Copying source file
I: copying [idba_1.1.2-1.dsc]
I: copying [./idba_1.1.2.orig.tar.gz]
I: copying [./idba_1.1.2-1.debian.tar.xz]
I: Extracting source
gpgv: ressource de bloc de clef « /root/.gnupg/trustedkeys.gpg » : erreur d'ouverture de fichier
gpgv: Signature faite le mar 01 jui 2014 04:37:54 GMT-14 avec la clef RSA d'identifiant D1C646D1
gpgv: Impossible de vérifier la signature : clef publique introuvable
dpkg-source: warning: failed to verify signature on ./idba_1.1.2-1.dsc
dpkg-source: info: extracting idba in idba-1.1.2
dpkg-source: info: unpacking idba_1.1.2.orig.tar.gz
dpkg-source: info: unpacking idba_1.1.2-1.debian.tar.xz
I: Building the package
W: no hooks of type A found -- ignoring
I: Running cd /build/*/ && env PATH="/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/i/capture/the/path" HOME="/nonexistent" dpkg-buildpackage -us -uc -b --buildinfo-identifier=amd64 -rfakeroot
dpkg-buildpackage: info: source package idba
dpkg-buildpackage: info: source version 1.1.2-1
dpkg-buildpackage: info: source distribution unstable
dpkg-buildpackage: info: source changed by Andreas Tille <tille at debian.org>
 dpkg-source --before-build idba-1.1.2
dpkg-buildpackage: info: host architecture amd64
 fakeroot debian/rules clean
dh clean
   dh_testdir
   dh_auto_clean
   dh_clean
 debian/rules build
dh build
   dh_testdir
   dh_update_autotools_config
   debian/rules override_dh_auto_configure
make[1] : on entre dans le répertoire « /build/idba-1.1.2 »
dh_auto_configure -- LDFLAGS="-Wl,-z,relro -Wl,--as-needed" LIBS=" -latomic"
	./configure --build=x86_64-linux-gnu --prefix=/usr --includedir=\${prefix}/include --mandir=\${prefix}/share/man --infodir=\${prefix}/share/info --sysconfdir=/etc --localstatedir=/var --disable-silent-rules --libdir=\${prefix}/lib/x86_64-linux-gnu --libexecdir=\${prefix}/lib/x86_64-linux-gnu --disable-maintainer-mode --disable-dependency-tracking "LDFLAGS=-Wl,-z,relro -Wl,--as-needed" "LIBS= -latomic"
configure: WARNING: unrecognized options: --disable-silent-rules, --disable-maintainer-mode
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... no
checking for mawk... mawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking for g++... g++
checking whether the C++ compiler works... yes
checking for C++ compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ accepts -g... yes
checking for style of include used by make... GNU
checking dependency style of g++... none
checking for gcc... gcc
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking dependency style of gcc... none
checking for ranlib... ranlib
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking for stdbool.h that conforms to C99... yes
checking for _Bool... yes
checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking for working memcmp... yes
checking for vprintf... yes
checking for _doprnt... no
checking for sqrt... no
configure: creating ./config.status
config.status: creating Makefile
config.status: creating bin/Makefile
config.status: creating lib/Makefile
config.status: creating test/Makefile
config.status: creating script/Makefile
config.status: creating config.h
config.status: executing depfiles commands
configure: WARNING: unrecognized options: --disable-silent-rules, --disable-maintainer-mode
make[1] : on quitte le répertoire « /build/idba-1.1.2 »
   dh_auto_build
	make -j1
make[1] : on entre dans le répertoire « /build/idba-1.1.2 »
make  all-recursive
make[2] : on entre dans le répertoire « /build/idba-1.1.2 »
Making all in lib
make[3] : on entre dans le répertoire « /build/idba-1.1.2/lib »
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o math.o `test -f '../src/basic/math.cpp' || echo './'`../src/basic/math.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o hash_aligner.o `test -f '../src/misc/hash_aligner.cpp' || echo './'`../src/misc/hash_aligner.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o options_description.o `test -f '../src/misc/options_description.cpp' || echo './'`../src/misc/options_description.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o log.o `test -f '../src/misc/log.cpp' || echo './'`../src/misc/log.cpp
../src/misc/log.cpp: In static member function ‘static void* LogThread::LogThreadFunc(void*)’:
../src/misc/log.cpp:121:44: warning: ignoring return value of ‘ssize_t write(int, const void*, size_t)’, declared with attribute warn_unused_result [-Wunused-result]
         write(log_thread.out_fd, line, len);
                                            ^
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o utils.o `test -f '../src/misc/utils.cpp' || echo './'`../src/misc/utils.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o blat_record.o `test -f '../src/misc/blat_record.cpp' || echo './'`../src/misc/blat_record.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o short_sequence.o `test -f '../src/sequence/short_sequence.cpp' || echo './'`../src/sequence/short_sequence.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o sequence_reader.o `test -f '../src/sequence/sequence_reader.cpp' || echo './'`../src/sequence/sequence_reader.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o sequence_writer.o `test -f '../src/sequence/sequence_writer.cpp' || echo './'`../src/sequence/sequence_writer.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o sequence_io.o `test -f '../src/sequence/sequence_io.cpp' || echo './'`../src/sequence/sequence_io.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o sequence.o `test -f '../src/sequence/sequence.cpp' || echo './'`../src/sequence/sequence.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o compact_sequence.o `test -f '../src/sequence/compact_sequence.cpp' || echo './'`../src/sequence/compact_sequence.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o contig_graph_branch_group.o `test -f '../src/graph/contig_graph_branch_group.cpp' || echo './'`../src/graph/contig_graph_branch_group.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o hash_graph.o `test -f '../src/graph/hash_graph.cpp' || echo './'`../src/graph/hash_graph.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o scaffold_graph.o `test -f '../src/graph/scaffold_graph.cpp' || echo './'`../src/graph/scaffold_graph.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o contig_graph.o `test -f '../src/graph/contig_graph.cpp' || echo './'`../src/graph/contig_graph.cpp
../src/graph/contig_graph.cpp: In member function ‘void ContigGraph::TopSort(std::deque<ContigGraphVertexAdaptor>&, std::deque<ContigGraphVertexAdaptor>&)’:
../src/graph/contig_graph.cpp:1385:30: warning: variable ‘end’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
     ContigGraphVertexAdaptor end = GetEndVertexAdaptor(component);
                              ^
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o hash_graph_branch_group.o `test -f '../src/graph/hash_graph_branch_group.cpp' || echo './'`../src/graph/hash_graph_branch_group.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o contig_info.o `test -f '../src/graph/contig_info.cpp' || echo './'`../src/graph/contig_info.cpp
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o local_assembler.o `test -f '../src/assembly/local_assembler.cpp' || echo './'`../src/assembly/local_assembler.cpp
../src/assembly/local_assembler.cpp: In static member function ‘static void* LocalAssemblerWithReference::LocalAssembleThread(void*)’:
../src/assembly/local_assembler.cpp:488:22: warning: variable ‘flag’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
                 bool flag = false;
                      ^
../src/assembly/local_assembler.cpp:489:21: warning: variable ‘aligned’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
                 int aligned[2] = {0};
                     ^
g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I.. -I../src -I../gtest_src   -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wall -O3 -fopenmp -pthread -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -c -o assembly_utility.o `test -f '../src/assembly/assembly_utility.cpp' || echo './'`../src/assembly/assembly_utility.cpp
/srv/reproducible-results/rbuild-debian-411aCC5i/tmp.6GplaEMBf7:	FATAL: null
java.lang.NullPointerException
	at hudson.plugins.build_timeout.BuildTimeoutWrapper$EnvironmentImpl.tearDown(BuildTimeoutWrapper.java:199)
	at hudson.model.Build$BuildExecution.doRun(Build.java:173)
	at hudson.model.AbstractBuild$AbstractBuildExecution.run(AbstractBuild.java:534)
	at hudson.model.Run.execute(Run.java:1738)
	at hudson.model.FreeStyleBuild.run(FreeStyleBuild.java:43)
	at hudson.model.ResourceController.execute(ResourceController.java:98)
	at hudson.model.Executor.run(Executor.java:410)