[med-svn] [Git][med-team/diamond-aligner][master] Run test suite verbosely (no --quiet option)

[Andreas Tille]

Andreas Tille pushed to branch master at Debian Med / diamond-aligner


Commits:
ec27f763 by Andreas Tille at 2020-06-03T18:46:31+02:00
Run test suite verbosely (no --quiet option)

- - - - -


2 changed files:

- debian/changelog
- debian/tests/diamond-calls


Changes:

=====================================
debian/changelog
=====================================
@@ -1,3 +1,9 @@
+diamond-aligner (0.9.33-2) UNRELEASED; urgency=medium
+
+  * Run test suite verbosely (no --quiet option)
+
+ -- Andreas Tille <tille at debian.org>  Wed, 03 Jun 2020 18:46:00 +0200
+
 diamond-aligner (0.9.33-1) unstable; urgency=medium
 
   * New upstream version


=====================================
debian/tests/diamond-calls
=====================================
@@ -6,43 +6,43 @@ set -x
 TESTDIR=`mktemp -d`
 
 #TODO: 10 DONE: 0 Running: 4 -> 14
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
 
 #TODO: 10 DONE: 1 Running: 3 -> 12
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
 
 #TODO: 10 DONE: 1 Running: 3 -> 12
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
 
 # TODO: 10 DONE: 1 Running: 3 -> 12
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
 
 # TODO: 10 DONE: 1 Running: 3 -> 12
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
 
 # TODO: 10 DONE: 2 Running: 3 -> 11
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
 
 # TODO: 10 DONE: 3 Running: 3 -> 10
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
 
 # TODO: 10 DONE: 4 Running: 3 -> 9
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
 
 # TODO: 10 DONE: 5 Running: 3 -> 8
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
 
 #TODO: 10 DONE: 6 Running: 3 -> 7
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
-diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet  --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
+diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null
 
 rm -rf $TESTDIR



View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/commit/ec27f76348b4aaf195a9cc78bd09ca5b017ba3ba

-- 
View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/commit/ec27f76348b4aaf195a9cc78bd09ca5b017ba3ba
You're receiving this email because of your account on salsa.debian.org.


-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://alioth-lists.debian.net/pipermail/debian-med-commit/attachments/20200603/79b0ce62/attachment-0001.html>