[Debian-med-packaging] Bug#1030038: libcifpp-data: trouble downloading components.cif.gz during upgrade

Patrice DUROUX patrice.duroux at gmail.com
Mon Jan 30 15:43:04 GMT 2023


Package: libcifpp-data
Version: 5.0.5-6
Severity: normal

Dear Maintainer,

It was trapped in the following (longtime) loop:

--2023-01-30 16:22:02--  ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers/components.cif.gz
           => « /var/cache/libcifpp/components.cif.gz »
Résolution de ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)… 128.6.158.49
Connexion à ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)|128.6.158.49|:21… échec : Connexion terminée par expiration du délai d'attente.
Nouvel essai.

--2023-01-30 16:24:12--  ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers/components.cif.gz
  (essai :  2) => « /var/cache/libcifpp/components.cif.gz »
Connexion à ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)|128.6.158.49|:21… échec : Connexion terminée par expiration du délai d'attente.
Nouvel essai.

--2023-01-30 16:26:24--  ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers/components.cif.gz
  (essai :  3) => « /var/cache/libcifpp/components.cif.gz »
Connexion à ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)|128.6.158.49|:21… échec : Connexion terminée par expiration du délai d'attente.
Nouvel essai.

--2023-01-30 16:28:38--  ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers/components.cif.gz
  (essai :  4) => « /var/cache/libcifpp/components.cif.gz »
Connexion à ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)|128.6.158.49|:21… échec : Connexion terminée par expiration du délai d'attente.
Nouvel essai.

--2023-01-30 16:30:53--  ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers/components.cif.gz
  (essai :  5) => « /var/cache/libcifpp/components.cif.gz »
Connexion à ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)|128.6.158.49|:21… échec : Connexion terminée par expiration du délai d'attente.
Nouvel essai.

--2023-01-30 16:33:09--  ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers/components.cif.gz
  (essai :  6) => « /var/cache/libcifpp/components.cif.gz »
Connexion à ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)|128.6.158.49|:21… Terminated
dpkg: erreur de traitement du paquet libcifpp-data (--configure) :
 installed libcifpp-data package post-installation script subprocess returned error exit status 143

(sorry for French output)

I suspect that it could be due to some firewall rules on our network.
But it works using https://, could it be possible to switch to https:// in place of ftp://
at a some retry?

Thanks,
Patrice

-- System Information:
Debian Release: bookworm/sid
  APT prefers testing
  APT policy: (500, 'testing')
Architecture: amd64 (x86_64)

Kernel: Linux 6.0.0-0.deb11.6-amd64 (SMP w/176 CPU threads; PREEMPT)
Kernel taint flags: TAINT_PROPRIETARY_MODULE, TAINT_OOT_MODULE, TAINT_UNSIGNED_MODULE
Locale: LANG=fr_FR.UTF-8, LC_CTYPE=fr_FR.UTF-8 (charmap=UTF-8), LANGUAGE not set
Shell: /bin/sh linked to /usr/bin/dash
Init: systemd (via /run/systemd/system)
LSM: AppArmor: enabled

Versions of packages libcifpp-data depends on:
ii  debconf [debconf-2.0]  1.5.82

libcifpp-data recommends no packages.

libcifpp-data suggests no packages.

-- debconf information:
* libcifpp/update: true


More information about the Debian-med-packaging mailing list