[Debian-pan-maintainers] État des lieux mi-juin 2023: ufo-tofu

Wed Jun 28 09:38:28 BST 2023

Bonjour,

Je viens d'envoyer une nouvelle version avec deux fichiers .desktop (et 
j'ai soumis https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=1039691 à 
l'occasion). Bizarrement, sur ma bookworm, pas de segmentation fault sur 
tofu flow (pas directement au lancement en tout cas)…

Roland.

Le 21/06/2023 à 18:32, Emmanuel FARHI a écrit :
>
> Bonjour Roland,
>
> La commande 'tofu ez' est en effet satisfaisante.
>
> On va donc laisser tomber 'tofu gui'.
>
> Par contre 'tofu flow', qui devrait etre assez plaisant selon 
> https://github.com/ufo-kit/tofu/ donne un 'segfault', qui envoie la ligne
>
> [4327648.778295] traps: tofu[802486] general protection fault 
> ip:7f6becedf864 sp:7fff8303d5d8 error:0 in 
> libOpenCL.so.1.0.0[7f6becedc000+6000]
>
> dans dmesg.
>
> Je viens de faire un ticket chez l'auteur.
>
>   * https://github.com/ufo-kit/tofu/issues/129
>
> Une fois qu'on y verra plus clair, on pourra ajouter un '.desktop' 
> vers 'tofu flow' ou 'tofu ez'.
>
> Merci, Emmanuel.
>
> Le 21/06/2023 à 17:20, Roland Mas a écrit :
>>
>> Bonjour,
>>
>> Pour ufo-tofu, j'ai l'impression que la partie gui n'est pas très à 
>> jour… il y a à la fois des mentions de Qt4 et de Qt5 dans le code, 
>> alors que le fichier requirements-guis.txt ne mentionne que Qt5. J'ai 
>> patché ce que j'ai pu pour que la phase de chargement des modules 
>> (cf. https://salsa.debian.org/science-team/ufo-tofu/-/commits/master) 
>> mais j'arrive maintenant à un autre problème sur lequel je planche.
>>
>> https://github.com/ufo-kit/tofu/issues/90 dit que "the GUI is not 
>> maintained anymore", je ne sais pas ce que ça implique ; tofu a une 
>> autre sous-commande, "tofu ez", qui semble être complètement écrite 
>> en Qt5 et qui lance une interface graphique aussi. Est-ce qu'elle 
>> remplit la même niche que "tofu gui" ?
>>
>> Roland.
>>
>> Le 16/06/2023 à 16:07, Emmanuel FARHI a écrit :
>>>
>>> Petite précision pour ufo-tofu. J'ai essayé sur une bullseye et sur 
>>> une bookworm.
>>>
>>> *Installation*:
>>>
>>> wget 
>>> http://ftp.ch.debian.org/debian/pool/main/p/python-qtpynodeeditor/python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb
>>> wget 
>>> http://ftp.bg.debian.org/debian/pool/main/u/ufo-tofu/python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb
>>>
>>> sudo apt install ./python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb 
>>> ./python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb
>>> Lecture des listes de paquets... Fait
>>> Construction de l'arbre des dépendances... Fait
>>> Lecture des informations d'état... Fait
>>> Note : sélection de « python3-ufo-tofu » au lieu de 
>>> « ./python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb »
>>> Note : sélection de « python3-qtpynodeeditor » au lieu de 
>>> « ./python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb »
>>> Les paquets supplémentaires suivants seront installés :
>>>   python3-pyqtconsole python3-versioneer
>>> Paquets suggérés :
>>>   python-python-versioneer-doc
>>> Les NOUVEAUX paquets suivants seront installés :
>>>   python3-pyqtconsole python3-qtpynodeeditor python3-ufo-tofu
>>>   python3-versioneer
>>> 0 mis à jour, 4 nouvellement installés, 0 à enlever et 2 non mis à jour.
>>> Il est nécessaire de prendre 0 o/234 ko dans les archives.
>>> Après cette opération, 1 419 ko d'espace disque supplémentaires 
>>> seront utilisés.
>>> Souhaitez-vous continuer ? [O/n]
>>> Réception de :1 
>>> /home/experiences/grades/farhie/python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb 
>>> python3-qtpynodeeditor all 0.2.0-2 [35,6 kB]
>>> Réception de :2 
>>> /home/experiences/grades/farhie/python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb 
>>> python3-ufo-tofu all 0.12.0-2 [137 kB]
>>> Sélection du paquet python3-pyqtconsole précédemment désélectionné.
>>> (Lecture de la base de données... 1549507 fichiers et répertoires 
>>> déjà installés
>>> .)
>>> Préparation du dépaquetage de 
>>> .../python3-pyqtconsole_1.2.2-1_all.deb ...
>>> Dépaquetage de python3-pyqtconsole (1.2.2-1) ...
>>> Sélection du paquet python3-versioneer précédemment désélectionné.
>>> Préparation du dépaquetage de .../python3-versioneer_0.28-1_all.deb ...
>>> Dépaquetage de python3-versioneer (0.28-1) ...
>>> Sélection du paquet python3-qtpynodeeditor précédemment désélectionné.
>>> Préparation du dépaquetage de 
>>> .../python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb ...
>>> Dépaquetage de python3-qtpynodeeditor (0.2.0-2) ...
>>> Sélection du paquet python3-ufo-tofu précédemment désélectionné.
>>> Préparation du dépaquetage de .../python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb ...
>>> Dépaquetage de python3-ufo-tofu (0.12.0-2) ...
>>> Paramétrage de python3-pyqtconsole (1.2.2-1) ...
>>> Paramétrage de python3-versioneer (0.28-1) ...
>>> Paramétrage de python3-qtpynodeeditor (0.2.0-2) ...
>>> Paramétrage de python3-ufo-tofu (0.12.0-2) ...
>>> Traitement des actions différées (« triggers ») pour man-db 
>>> (2.11.2-2) ...
>>>
>>> *Utilisation*:
>>>
>>> farhie at re-grades-02:~$ tofu gui
>>> ERROR: Cannot import modules for GUI, please install PyQt4 and pyqtgraph
>>>
>>>
>>> *Installation dans un venv pip*:
>>>
>>> J'ai ensuite tenté une installation locale dans un venv.
>>>
>>> Installing collected packages: pyxdg, PyQt5-Qt5, versioneer, 
>>> PyQt5-sip, pycairo, pillow, parso, packaging, numpy, networkx, 
>>> coverage, qtpy, PyQt5, PyGObject, jedi, imageio, qtpynodeeditor, 
>>> pyqtconsol
>>>
>>> Installing collected packages: PyOpenGL, pyqtgraph
>>>
>>> Il semble ensuite qu'il y ait une dépendance sur
>>>
>>>   * sudo apt install libgirepository1.0-dev
>>>
>>> en creusant un peu plus loin on tombe sur le célèbre
>>>
>>>   * ValueError: Namespace Ufo not available for version 0.0
>>>
>>>
>>> Emmanuel.
>>>
>>>
>>> Le 15/06/2023 à 17:29, Emmanuel FARHI a écrit :
>>>>
>>>> Bonjour Roland,
>>>>
>>>> merci pour les nouvelles et le travail fourni.
>>>>
>>>>   * Croisons les doigts pour Jupyterlab. Ca va bien marcher à un
>>>>     moment !
>>>>   * Pour PySAXS, il ne faut pas hésiter à secouer le cocotier. Je
>>>>     viens d'envoyer un email en ce sens.
>>>>   * Pour eman2, ca a l'air en effet du pur cmake dans un conda
>>>>     (CONDA_PREFIX not found). Je ne suis pas expert non plus la
>>>>     dedans. Peut etre faut-il définir CONDA_PREFIX a la mano ?
>>>>   * Merci pour Demeter. Je ne vois pas pas très bien si les GUI
>>>>     arthemis et athena
>>>>     (https://salsa.debian.org/science-team/horae) sont alors
>>>>     disponibles avec la nouvelle librairie
>>>>     https://salsa.debian.org/perl-team/modules/packages/libdemeter-perl
>>>>   * Pour RefNX, je l'ai migré vers DONE dans la liste PaN.
>>>>
>>>> Pour la suite:
>>>>
>>>>   * ufo-tofu: j'ai l'impression que le GUI ne se lance pas.
>>>>   * nabu me semble un bon choix, et connaissant les développeurs,
>>>>     ca doit être relativement propre.
>>>>   * codra est fait par l'auteur de Spyder il me semble
>>>>   * orange/quasar, peut etre plus simple maintenant car des
>>>>     dépendances ont été ajoutées à debian depuis.
>>>>   * napari est assez touffu en dépendances, mais a garder en stock
>>>>     car c'est un excellent outil
>>>>   * mpes nécessite bokeh
>>>>     (https://salsa.debian.org/python-team/packages/python-bokeh),
>>>>     mais les autres dependances sont peut être accessibles.. Plus
>>>>     facile que 'arpys'.
>>>>
>>>> Merci d'avance, Emmanuel.
>>>>
>>>>
>>>> Le 14/06/2023 à 16:26, Roland Mas a écrit :
>>>>> Bonjour,
>>>>>
>>>>> Un rapide état des lieux mi-juin, parce que je réalise que je n'ai 
>>>>> pas donné de nouvelles depuis un certain temps.
>>>>>
>>>>> - pour la galaxie Jupyterlab/ipywidgets : je suis dans le 
>>>>> packaging de jupyter-ydoc, qui a besoin de ypy, qui a besoin de 
>>>>> maturin (un système de build). Maturin est en cours de packaging 
>>>>> par Jelmer Vernooij, avec quelques dépendances en Rust. J'ai 
>>>>> essayé de construire tout ça avant que ça atteigne unstable/NEW 
>>>>> mais ce n'est pas encore réussi. Comme je vois passer des commits 
>>>>> réguliers, je suppose que Jelmer est sur le coup et que ça va se 
>>>>> résorber d'ici peu.
>>>>>
>>>>> - pour pysaxs2, je suis toujours en attente de la publication des 
>>>>> sources par Olivier Tache du CEA. Je l'ai relancé fin mai, 
>>>>> j'hésite à insister… peut-être que vous pourriez tâter le terrain 
>>>>> de votre côté ?
>>>>>
>>>>> - pour eman2, je bute sur le système de construction. Apparemment 
>>>>> il est considéré comme acquis que eman2 ne sera jamais installé 
>>>>> que via Conda, et aucune instruction ne semble présente pour la 
>>>>> construction directe (via CMake).. Je progresse doucement sur la 
>>>>> résolution/détection des dépendances par CMake.
>>>>>
>>>>> - demeter (le remplaçant de horae) est dans NEW.
>>>>>
>>>>> - refnx est dans testing.
>>>>>
>>>>> Voilà de quoi mettre un peu à jour la TODO-list sur 
>>>>> pan-team/soleil-packaging-overview :-)
>>>>>
>>>>> Roland.
>>>>>
>>>>>
>>>> -- 
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>>>> SYNCHROTRON http://www.synchrotron-soleil.fr
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