[med-svn] [seer] 01/06: New upstream version 1.1.2
Andreas Tille
tille at debian.org
Wed Dec 7 22:13:32 UTC 2016
This is an automated email from the git hooks/post-receive script.
tille pushed a commit to branch master
in repository seer.
commit df7df2fbd1b6687c0236849ceeef6a97ab23a384
Author: Andreas Tille <tille at debian.org>
Date: Wed Dec 7 23:02:57 2016 +0100
New upstream version 1.1.2
---
.gitignore | 3 +-
.travis.yml | 18 +
README.md | 47 +-
scripts/R_mds.pl | 143 +
scripts/blast_top_hits.pl | 2 +-
scripts/mash2matrix.pl | 60 +
seer-logo.png | Bin 0 -> 30410 bytes
src/Makefile | 9 +
src/filterCmdLine.cpp | 6 +
src/filter_seer.hpp | 3 +
src/kmdsCmdLine.cpp | 8 +-
src/kmdsStruct.cpp | 5 +-
src/mapCmdLine.cpp | 6 +
src/mapMain.cpp | 6 +
src/map_back.hpp | 1 +
src/seerBinaryAssoc.cpp | 2 +-
src/seerCmdLine.cpp | 7 +-
src/seerCommon.cpp | 9 -
src/seerFilter.cpp | 31 +-
src/seerIO.cpp | 6 +-
src/seerMain.cpp | 9 +
src/seercommon.hpp | 4 +-
src/significant_kmer.cpp | 38 +-
src/significant_kmer.hpp | 6 +
test/6259_5_16.fa | 35643 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
test/all_structure_new | Bin 75800 -> 196442 bytes
test/assembly_locations.txt | 1 +
test/map_in.txt | 2 +
test/run_test.pl | 25 +-
test/{test1.txt => test1.e.txt} | 4 +-
test/test1.o.txt | 1 +
test/{test1.txt => test2.e.txt} | 4 +-
test/{test2.txt => test2.o.txt} | 3 -
test/{test1.txt => test3.e.txt} | 4 +-
test/{test3.txt => test3.o.txt} | 3 -
test/test4.e.txt | 6 +
test/{test4.txt => test4.o.txt} | 3 -
test/{test1.txt => test5.e.txt} | 4 +-
test/{test5.txt => test5.o.txt} | 3 -
test/{test1.txt => test6.e.txt} | 4 +-
test/{test6.txt => test6.o.txt} | 3 -
test/test7.e.txt | 2 +
test/{test7.txt => test7.o.txt} | 308 +-
test/test8.e.txt | 4 +
test/test8.o.txt | 1 +
45 files changed, 36221 insertions(+), 236 deletions(-)
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index eb54d6c..a73db35 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -38,8 +38,7 @@ filter_seer
.ycm_extra_conf.py*
# Submodules
-armadillo-4.*
-armadillo-5.*
+armadillo-*
mlpack-1.0.*
boost_1_*
gzstream
diff --git a/.travis.yml b/.travis.yml
new file mode 100644
index 0000000..390a520
--- /dev/null
+++ b/.travis.yml
@@ -0,0 +1,18 @@
+sudo: required
+
+language: cpp
+
+before_install:
+ - sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test -y
+ - sudo apt-get update -qq
+ - sudo apt-get install g++-4.9 liblapack-dev libboost-program-options-dev -y
+
+install:
+ - wget http://www.cs.unc.edu/Research/compgeom/gzstream/gzstream.tgz
+ - tar xzf gzstream.tgz
+ - pushd gzstream && make && popd
+ - wget http://sourceforge.net/projects/arma/files/armadillo-6.700.6.tar.gz
+ - tar xzf armadillo-6.700.6.tar.gz
+ - pushd armadillo-6.700.6 && CXX=/usr/bin/g++-4.9 cmake . && make && sudo make install && popd
+
+script: CXX=/usr/bin/g++-4.9 make CPPFLAGS="-I../gzstream -I../dlib -D DLIB_NO_GUI_SUPPORT=1 -D DLIB_USE_BLAS=1 -D DLIB_USE_LAPACK=1 -D NO_HDF5=1" SEER_LDLIBS="-L../gzstream -lgzstream -lz -larmadillo -lboost_program_options -llapack -lblas -lpthread" && make test
diff --git a/README.md b/README.md
index c6a29d6..3c4d704 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -1,9 +1,22 @@
+[](https://travis-ci.org/johnlees/seer)
# seer
Sequence element enrichment analysis. This document contains
-installation instuctions. Usage can be found on the [wiki](https://github.com/johnlees/seer/wiki/Usage), and more information in the [paper](http://biorxiv.org/content/early/2016/03/02/038463).
+installation instuctions. Usage can be found on the [wiki](https://github.com/johnlees/seer/wiki/Usage), and more information in the [paper](http://www.nature.com/articles/ncomms12797).
Installation
==============
+###Use a pre-compiled release
+
+Head to the [release](https://github.com/johnlees/seer/releases) page and download and unpack the tarball. If you have the dependencies installed use the dynamic version, otherwise use the static version (tested on Ubuntu only; static_all should work on other 64-bit Linux platforms).
+
+###Use on a virtual machine
+
+We have a virtual machine, containing SEER and other useful bioinformatics programs, which is available at
+ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/pathogens/pathogens-vm/pathogens-vm.latest.ova
+and can be imported as an appliance in [VirtualBox](https://www.virtualbox.org/).
+
+###Compile source code
+
First clone the repository
git clone --recursive https://github.com/johnlees/seer
@@ -17,6 +30,8 @@ Currently tested on Linux only, installation should proceed as
make
make install
+Full installation instructions are available <a href="#installation-on-ubuntubiolinux">below</a>
+
Dependencies
--------------
seer currently depends on
@@ -34,7 +49,33 @@ You will also require
You probably already have boost, HDF5 and dlib (as long as you did clone --recursive).
-###Brief installation instructions
+###Installation on Ubuntu/biolinux
+
+Running the following commands will install seer
+
+ sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test
+ sudo apt-get update
+ sudo apt-get install g++-4.9 libhdf5-dev libopenblas-dev libboost-program-options-dev
+
+ git clone --recursive https://github.com/johnlees/seer
+ cd seer
+
+ wget http://www.cs.unc.edu/Research/compgeom/gzstream/gzstream.tgz
+ tar xzf gzstream.tgz
+ cd gzstream &&make CC=/usr/bin/gcc-4.9
+ cd ..
+
+ wget http://sourceforge.net/projects/arma/files/armadillo-6.700.6.tar.gz
+ tar xzf armadillo-6.700.6.tar.gz
+ cd armadillo-6.700.6
+ CXX=/usr/bin/g++-4.9 cmake .
+ make
+ sudo make install
+ sudo ldconfig /usr/lib64
+ cd ..
+ cd src && make CXX=/usr/bin/g++-4.9
+
+###General installation instructions
**gzstream**
@@ -70,7 +111,7 @@ Download and unpack. Change into directory and type
Best installed with your distribution's package manager, and you should use the c++11 version if possible.
-For a manual installation, see <http://www.boost.org/doc/libs/1_57_0/more/getting_started/unix-variants.html> for details on how to use ./b2 to install. I reccommend that you create a user-config.jam file in the boost root which modifies the gcc compilation:
+For a manual installation, see <http://www.boost.org/doc/libs/1_57_0/more/getting_started/unix-variants.html> for details on how to use ./b2 to install. I recommend that you create a user-config.jam file in the boost root which modifies the gcc compilation:
using gcc:
: std11
diff --git a/scripts/R_mds.pl b/scripts/R_mds.pl
new file mode 100755
index 0000000..93782e3
--- /dev/null
+++ b/scripts/R_mds.pl
@@ -0,0 +1,143 @@
+#!/usr/bin/perl -w
+
+use strict;
+use warnings;
+
+use Getopt::Long;
+
+my $usage_message = <<USAGE;
+Usage: ./R_mds.pl -k <filtered_kmers.txt> -p <pheno_file>
+
+Projects distance matrix into lower number of dimensions
+Requires R and rhdf5 to be installed, see github wiki for more details
+
+ Options
+
+ Required
+ -d, --dist Distance matrix output by kmds
+ -p, --pheno Phenotype file used by seer
+
+ Optional
+ -o, --output Output prefix (default 'all_structure')
+ --pc Number of dimensions to project into (default 3)
+ -R R executable (default 'which R')
+ -h, --help Displays this message
+
+USAGE
+
+my $tmp_file_name = "mds_tmp.Rscript";
+
+#****************************************************************************************#
+#* Main *#
+#****************************************************************************************#
+
+#* gets input parameters
+my ($distance_file, $pheno, $output_prefix, $dimensions, $R_exec, $help);
+GetOptions ("dist|d=s" => \$distance_file,
+ "pheno|p=s" => \$pheno,
+ "output|o=s" => \$output_prefix,
+ "pc=i" => \$dimensions,
+ "R=s" => \$R_exec,
+ "help|h" => \$help
+ ) or die($usage_message);
+
+if (defined($help) || !defined($distance_file) || !defined($pheno))
+{
+ print $usage_message;
+}
+else
+{
+ # Set defaults
+ if (!defined($dimensions))
+ {
+ $dimensions = 3;
+ }
+ if (!defined($R_exec))
+ {
+ $R_exec = `which R`;
+ chomp $R_exec;
+ }
+ if (!defined($output_prefix))
+ {
+ $output_prefix = "all_structure";
+ }
+
+ # Check number of samples matches, write .samples if ok
+ open(PHENO, $pheno) || die("Could not open pheno file $pheno: $!\n");
+
+ my @samples;
+ while (my $line_in = <PHENO>)
+ {
+ chomp $line_in;
+ my @fields = split(/\t/, $line_in);
+
+ push(@samples, $fields[1]);
+ }
+
+ my @samples_out = sort @samples;
+
+ open(DIST, $distance_file) || die("Could not open distance file $distance_file: $!\n");
+ my $dist_line = <DIST>;
+ my @dist_cols = split(",", $dist_line);
+
+ if(scalar(@dist_cols) != scalar(@samples_out))
+ {
+ die("Number of samples in $pheno does not match those in $distance_file\n");
+ }
+
+ my $dist_rows = 1;
+ while (my $line_in = <DIST>)
+ {
+ $dist_rows++;
+ }
+
+ if($dist_rows != scalar(@dist_cols))
+ {
+ die("Distance matrix $distance_file is not square\n");
+ }
+
+ close DIST;
+
+ open(SAMPLES, ">$output_prefix.samples") || die("Could not write to $output_prefix.samples\n");
+ foreach my $sample (@samples_out)
+ {
+ print SAMPLES $sample . "\n";
+ }
+ close SAMPLES;
+
+ #****************************************************************************************#
+ #* Rscript *#
+ #****************************************************************************************#
+ my $Rscript = <<RSCRIPT;
+library(rhdf5)
+distances <- read.csv("$distance_file", header=FALSE, stringsAsFactors=FALSE)
+projection <- cmdscale(distances, k = $dimensions, eig = T)
+covariates <- projection[["points"]]
+
+for (i in 1:$dimensions)
+{
+ covariates[,i] <- covariates[,i]/max(abs(covariates[,i]))
+}
+
+h5createFile("$output_prefix")
+h5write(covariates,"$output_prefix","dataset")
+H5close()
+
+pdf("scree_plot.pdf")
+plot(projection[[2]][1:30], type='l', xlab="Dimensions", ylab="Eigenvalue", main="Scree plot")
+dev.off()
+RSCRIPT
+
+ open(RSCRIPT, ">$tmp_file_name") || die("Could not open $tmp_file_name: $!\n");
+ print RSCRIPT $Rscript;
+ close(RSCRIPT);
+
+ print STDERR "Running projection\n";
+ my $R_command = "$R_exec CMD BATCH --no-save --no-restore $tmp_file_name";
+ system($R_command);
+
+ unlink($tmp_file_name, "$tmp_file_name.Rout");
+}
+
+exit(0);
+
diff --git a/scripts/blast_top_hits.pl b/scripts/blast_top_hits.pl
index f0365b6..a5c073e 100755
--- a/scripts/blast_top_hits.pl
+++ b/scripts/blast_top_hits.pl
@@ -92,7 +92,7 @@ else
$qseqid = "qseqid";
$qstart = "qstart";
$qend = "qend";
- $length = "length;"
+ $length = "length";
}
else
{
diff --git a/scripts/mash2matrix.pl b/scripts/mash2matrix.pl
new file mode 100755
index 0000000..680c91a
--- /dev/null
+++ b/scripts/mash2matrix.pl
@@ -0,0 +1,60 @@
+#!/usr/bin/perl -w
+
+use strict;
+use warnings;
+
+my $usage_message = <<USAGE;
+Usage: ./mash2matrix.pl <matrix_in> > all_distances.csv
+
+Uses mash (http://mash.readthedocs.io/) to create all pairwise distances
+between samples.
+
+NB: the input to mash should be the same order as the .pheno file
+generate <assemblies.fa> with:
+cut -f 1 metadata.pheno | tr '\n' ' '
+
+Then run
+mash sketch -o reference <assemblies.fa>
+mash dist reference.msh reference.msh > mash_distances.txt
+./mash2matrix.pl mash_distances.txt > all_distances.csv
+
+USAGE
+
+my $dist_file = $ARGV[0];
+if (!-e $dist_file)
+{
+ print STDERR $usage_message;
+}
+else
+{
+ open(INPUT, $dist_file) || die("Could not open $dist_file\n");
+
+ my %row_idx;
+ my @mat_out;
+ my $i = 0;
+ while (my $line_in = <INPUT>)
+ {
+ chomp $line_in;
+ my ($el1, $el2, $dist, @junk) = split("\t", $line_in);
+
+ if (!defined($row_idx{$el1}))
+ {
+ $row_idx{$el1} = $i++;
+ }
+ if (!defined($row_idx{$el2}))
+ {
+ $row_idx{$el2} = $i++;
+ }
+
+ $mat_out[$row_idx{$el1}][$row_idx{$el2}] = $dist;
+ }
+
+ for (my $i = 0; $i < scalar(@{$mat_out[0]}); $i++)
+ {
+ print join(",", @{$mat_out[$i]}) . "\n";
+ }
+
+}
+
+exit(0);
+
diff --git a/seer-logo.png b/seer-logo.png
new file mode 100644
index 0000000..9fb4a90
Binary files /dev/null and b/seer-logo.png differ
diff --git a/src/Makefile b/src/Makefile
index 31939da..3cf3cc7 100755
--- a/src/Makefile
+++ b/src/Makefile
@@ -21,12 +21,21 @@ CPPFLAGS=-I$(PREFIX)/include -I../gzstream -I../dlib -I/usr/local/hdf5/include -
# For static linking. To use type 'make static'
# Requires icpc and mkl
+# Dynamically links libm, libz, libc
COMMON_LDLIBS=-L../gzstream -L$(PREFIX)/lib -static-libstdc++ -static-libgcc -static-intel
SEER_STATIC_LDLIBS=$(COMMON_LDLIBS) -Wl,-Bstatic -lhdf5 -lgzstream -larmadillo -lboost_program_options -Wl,-Bdynamic -lz -Wl,--start-group ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_intel_ilp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_core.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_sequential.a -Wl,--end-group
MAP_STATIC_LDLIBS=$(COMMON_LDLIBS) -Wl,-Bstatic -lboost_program_options -Wl,-Bdynamic
COMBINE_STATIC_LDLIBS=$(COMMON_LDLIBS) -Wl,-Bstatic -lgzstream -lboost_program_options -Wl,-Bdynamic -lz
FILTER_STATIC_LDLIBS=-$(COMMON_LDLIBS) -Wl,-Bstatic -lboost_program_options -Wl,-Bdynamic
+# Full static linking with gcc
+#COMMON_LDLIBS=-L../gzstream -L$(PREFIX)/lib -static -static-libstdc++ -static-libgcc
+#SEER_LDLIBS=$(COMMON_LDLIBS) -L../gzstream -L$(PREFIX)/lib -lhdf5 -lgzstream -lz -larmadillo -lboost_program_options -llapack -lblas -lpthread -lgfortran -lquadmath -lm
+#MAP_LDLIBS=$(COMMON_LDLIBS) -L$(PREFIX)/lib -lboost_program_options -lpthread
+#COMBINE_LDLIBS=$(COMMON_LDLIBS) -L../gzstream -L$(PREFIX)/lib -lgzstream -lz -lboost_program_options
+#FILTER_LDLIBS=$(COMMON_LDLIBS) -L$(PREFIX)/lib -lboost_program_options
+#
+
PROGRAMS=seer kmds map_back combineKmers filter_seer
STATIC_PROGRAMS=seer_static kmds_static map_back_static combineKmers_static filter_seer_static
diff --git a/src/filterCmdLine.cpp b/src/filterCmdLine.cpp
index b4ad480..02ed5a4 100644
--- a/src/filterCmdLine.cpp
+++ b/src/filterCmdLine.cpp
@@ -30,6 +30,7 @@ int parseCommandLine (int argc, char *argv[], po::variables_map& vm)
po::options_description other("Other options");
other.add_options()
("sort,s", po::value<std::string>(), "field to sort on: chisq, pval, maf or beta")
+ ("version", "prints version and exits")
("help,h", "full help message");
po::options_description all;
@@ -44,6 +45,11 @@ int parseCommandLine (int argc, char *argv[], po::variables_map& vm)
printHelp(all);
failed = 1;
}
+ else if (vm.count("version"))
+ {
+ std::cout << VERSION << std::endl;
+ failed = 1;
+ }
else
{
po::notify(vm);
diff --git a/src/filter_seer.hpp b/src/filter_seer.hpp
index 86e2895..caaffa3 100644
--- a/src/filter_seer.hpp
+++ b/src/filter_seer.hpp
@@ -18,6 +18,9 @@
#include "significant_kmer.hpp"
+// Constants
+const std::string VERSION = "1.1.2";
+
// Structures
struct cmdOptions
{
diff --git a/src/kmdsCmdLine.cpp b/src/kmdsCmdLine.cpp
index 626b6a6..fac9af9 100644
--- a/src/kmdsCmdLine.cpp
+++ b/src/kmdsCmdLine.cpp
@@ -42,6 +42,7 @@ int parseCommandLine (int argc, char *argv[], po::variables_map& vm)
po::options_description other("Other options");
other.add_options()
+ ("version", "prints version and exits")
("help,h", "full help message");
po::options_description all;
@@ -56,6 +57,11 @@ int parseCommandLine (int argc, char *argv[], po::variables_map& vm)
printHelp(all);
failed = 1;
}
+ else if (vm.count("version"))
+ {
+ std::cout << VERSION << std::endl;
+ failed = 1;
+ }
else
{
po::notify(vm);
@@ -87,7 +93,7 @@ void printHelp(po::options_description& help)
{
std::cerr << "kmds" << "\n";
std::cerr << "\t1) filter and subsample with --no_mds and --size\n";
- std::cerr << "\t2) combine, and do metric multidimensional scaling with --combine_mds\n";
+ std::cerr << "\t2) combine, and do metric multidimensional scaling with --mds_concat\n";
std::cerr << help << "\n";
}
diff --git a/src/kmdsStruct.cpp b/src/kmdsStruct.cpp
index 041e6e8..bd6982c 100644
--- a/src/kmdsStruct.cpp
+++ b/src/kmdsStruct.cpp
@@ -43,7 +43,7 @@ arma::mat metricMDS(const arma::mat& populationMatrix, const int dimensions, con
if (!arma::eig_sym(eigval, eigvec, B))
{
- throw std::runtime_error("Could not calculate eignvalues of B matrix in metric MDS");
+ throw std::runtime_error("Could not calculate eigenvalues of B matrix in metric MDS");
}
// Step 5)
@@ -138,6 +138,9 @@ arma::mat dissimiliarityMatrix(const arma::mat& inMat, const unsigned int thread
}
}
+ // Normalise by total k-mers
+ dist = dist / inMat.n_cols;
+
// Print time taken
std::chrono::steady_clock::time_point end = std::chrono::steady_clock::now();
std::chrono::duration<double> diff = std::chrono::duration_cast<std::chrono::duration<double>>(end - start);
diff --git a/src/mapCmdLine.cpp b/src/mapCmdLine.cpp
index fc8af12..ff6965f 100644
--- a/src/mapCmdLine.cpp
+++ b/src/mapCmdLine.cpp
@@ -25,6 +25,7 @@ int parseCommandLine (int argc, char *argv[], po::variables_map& vm)
po::options_description other("Other options");
other.add_options()
("threads", po::value<size_t>()->default_value(1), ("number of threads. Suggested: " + std::to_string(std::thread::hardware_concurrency())).c_str())
+ ("version", "prints version and exits")
("help,h", "full help message");
po::options_description all;
@@ -39,6 +40,11 @@ int parseCommandLine (int argc, char *argv[], po::variables_map& vm)
printHelp(all);
failed = 1;
}
+ else if (vm.count("version"))
+ {
+ std::cout << VERSION << std::endl;
+ failed = 1;
+ }
else
{
po::notify(vm);
diff --git a/src/mapMain.cpp b/src/mapMain.cpp
index 973a73f..22db97e 100644
--- a/src/mapMain.cpp
+++ b/src/mapMain.cpp
@@ -90,10 +90,16 @@ int main (int argc, char *argv[])
// queue
threads.push_back(std::async(std::launch::async,
&Fasta::printMappings, *all_names_it, std::ref(std::cout), sig_kmer.sequence(), std::ref(out_mtx)));
+
+ // Search for reverse complement too
+ waitForThreads(threads, num_threads - 1);
+ threads.push_back(std::async(std::launch::async,
+ &Fasta::printMappings, *all_names_it, std::ref(std::cout), sig_kmer.rev_comp(), std::ref(out_mtx)));
}
else
{
all_names_it->printMappings(std::cout, sig_kmer.sequence(), out_mtx);
+ all_names_it->printMappings(std::cout, sig_kmer.rev_comp(), out_mtx);
}
++search_names_it;
diff --git a/src/map_back.hpp b/src/map_back.hpp
index 357a556..d0bbe44 100644
--- a/src/map_back.hpp
+++ b/src/map_back.hpp
@@ -28,6 +28,7 @@
#include "significant_kmer.hpp"
// Constants
+const std::string VERSION = "1.2";
const int thread_wait = 100; //time to wait for each thread in ms
// Structs
diff --git a/src/seerBinaryAssoc.cpp b/src/seerBinaryAssoc.cpp
index e043139..b36d22a 100644
--- a/src/seerBinaryAssoc.cpp
+++ b/src/seerBinaryAssoc.cpp
@@ -147,7 +147,7 @@ void newtonRaphson(Kmer& k, const arma::vec& y_train, const arma::mat& x_design,
{
k.add_comment("inv-fail");
k.p_val(0);
-
+ std::cerr << "Inversion at input line " << k.line_number() << " failed" << std::endl;
failed = 1;
break;
}
diff --git a/src/seerCmdLine.cpp b/src/seerCmdLine.cpp
index 05fdb16..09e0fd8 100644
--- a/src/seerCmdLine.cpp
+++ b/src/seerCmdLine.cpp
@@ -43,13 +43,13 @@ int parseCommandLine (int argc, char *argv[], po::variables_map& vm)
("max_length", po::value<long int>()->default_value(max_length_default), "maximum kmer length")
("maf", po::value<double>()->default_value(maf_default), "minimum kmer frequency")
("min_words", po::value<int>(), "minimum kmer occurences. Overrides --maf")
- ("positive_only", "only test words with a predicted positive effect direction")
("chisq", po::value<std::string>()->default_value(chisq_default), "p-value threshold for initial chi squared test. Set to 1 to show all")
("pval", po::value<std::string>()->default_value(pval_default), "p-value threshold for final logistic test. Set to 1 to show all");
po::options_description other("Other options");
other.add_options()
("print_samples", "print lists of samples significant kmers were found in")
+ ("version", "prints version and exits")
("help,h", "full help message");
po::options_description all;
@@ -64,6 +64,11 @@ int parseCommandLine (int argc, char *argv[], po::variables_map& vm)
printHelp(all);
failed = 1;
}
+ else if (vm.count("version"))
+ {
+ std::cout << VERSION << std::endl;
+ failed = 1;
+ }
else
{
po::notify(vm);
diff --git a/src/seerCommon.cpp b/src/seerCommon.cpp
index b7b231a..daaedfd 100644
--- a/src/seerCommon.cpp
+++ b/src/seerCommon.cpp
@@ -47,15 +47,6 @@ cmdOptions verifyCommandLine(boost::program_options::variables_map& vm, const st
else
{
// Error check filtering options
- if(vm.count("positive_only"))
- {
- verified.positive = 1;
- }
- else
- {
- verified.positive = 0;
- }
-
verified.min_words = 0;
if (vm.count("min_words"))
{
diff --git a/src/seerFilter.cpp b/src/seerFilter.cpp
index b0c9e6a..c8aa488 100644
--- a/src/seerFilter.cpp
+++ b/src/seerFilter.cpp
@@ -22,7 +22,7 @@ int passFilters(const cmdOptions& filterOptions, Kmer& k, const std::vector<Samp
{
try // Some chi^2 tests may diverge - proceed anyway for now
{
- pass = passStatsFilters(k, y, filterOptions.chi_cutoff, continuous_phenotype, filterOptions.positive);
+ pass = passStatsFilters(k, y, filterOptions.chi_cutoff, continuous_phenotype);
}
catch (std::exception& e)
{
@@ -56,39 +56,22 @@ int passBasicFilters(const Kmer& k, const int max_length, const int min_words, c
return passed;
}
-int passStatsFilters(Kmer& k, const arma::vec& y, const double chi_cutoff, const int continuous_phenotype, const int positive_only)
+int passStatsFilters(Kmer& k, const arma::vec& y, const double chi_cutoff, const int continuous_phenotype)
{
int passed = 1;
if (continuous_phenotype)
{
k.unadj_p_val(welchTwoSamplet(k, y));
- if (k.unadj() > chi_cutoff)
- {
- passed = 0;
- }
}
else
{
- // Test positive effects only
- // i.e. having kmer associates with having phenotype
- if (positive_only)
- {
- arma::mat x = k.get_x();
- if (dot(y - x, y - x) <= 0.5*y.n_rows)
- {
- passed = 0;
- }
- }
+ k.unadj_p_val(chiTest(k, y));
+ }
- if (passed)
- {
- k.unadj_p_val(chiTest(k, y));
- if (k.unadj() > chi_cutoff)
- {
- passed = 0;
- }
- }
+ if (k.unadj() > chi_cutoff)
+ {
+ passed = 0;
}
return passed;
diff --git a/src/seerIO.cpp b/src/seerIO.cpp
index 65a3b03..7a5dac2 100644
--- a/src/seerIO.cpp
+++ b/src/seerIO.cpp
@@ -86,7 +86,11 @@ void writeMDS(const std::string& file_name, const std::vector<Sample>& sample_na
{
if (MDS.n_rows == sample_names.size())
{
+#ifdef NO_HDF5
+ MDS.save(file_name, arma::arma_ascii);
+#else
MDS.save(file_name, arma::hdf5_binary);
+#endif
std::string sample_file_name = file_name + sample_suffix;
std::ofstream sample_names_file(sample_file_name.c_str());
@@ -122,7 +126,7 @@ arma::mat readHDF5(const std::string& file_name)
if (fileStat(file_name))
{
- HDF5.load(file_name, arma::hdf5_binary);
+ HDF5.load(file_name);
}
else
{
diff --git a/src/seerMain.cpp b/src/seerMain.cpp
index 41bcca1..29b0cd1 100644
--- a/src/seerMain.cpp
+++ b/src/seerMain.cpp
@@ -122,6 +122,8 @@ int main (int argc, char *argv[])
}
std::cout << std::endl;
+ long int input_line = 0;
+ long int tested_kmers = 0;
while (kmer_file)
{
// Parse a set of dsm lines
@@ -132,6 +134,8 @@ int main (int argc, char *argv[])
while(kmer_lines.size() < parameters.num_threads && kmer_file)
{
kmer_file >> k;
+ k.set_line_nr(++input_line);
+
if (kmer_file)
{
k.add_x(sample_map, samples.size());
@@ -140,6 +144,7 @@ int main (int argc, char *argv[])
if (!parameters.filter)
{
kmer_lines.push_back(k);
+ tested_kmers++;
}
else if (passFilters(parameters, k, samples, y, continuous_phenotype))
{
@@ -147,6 +152,7 @@ int main (int argc, char *argv[])
std::cerr << "kmer " + k.sequence() + " seems significant\n";
#endif
kmer_lines.push_back(k);
+ tested_kmers++;
}
}
}
@@ -225,6 +231,9 @@ int main (int argc, char *argv[])
// ...to here
}
+ std::cerr << "Read " << input_line << " total k-mers. Of these:\n";
+ std::cerr << "\tFiltered " << input_line - tested_kmers << " k-mers\n";
+ std::cerr << "\tTested " << tested_kmers << " k-mers\n";
std::cerr << "Done.\n";
}
diff --git a/src/seercommon.hpp b/src/seercommon.hpp
index a1b865a..c43376f 100644
--- a/src/seercommon.hpp
+++ b/src/seercommon.hpp
@@ -41,6 +41,7 @@
#include "covar.hpp"
// Constants
+const std::string VERSION = "1.1.2";
// Default options
const double maf_default = 0.01;
const long int max_length_default = 100;
@@ -59,7 +60,6 @@ struct cmdOptions
long int max_length;
long int size;
int filter;
- int positive;
int pc;
int print_samples;
int write_distances;
@@ -112,7 +112,7 @@ int fileStat(const std::string& filename);
// seerFilter headers
int passFilters(const cmdOptions& filterOptions, Kmer& k, const std::vector<Sample>& samples, const arma::vec& y, const int continuous_phenotype, const bool do_stats = 1);
int passBasicFilters(const Kmer& k, const int max_length, const int min_words, const int max_words);
-int passStatsFilters(Kmer& k, const arma::vec& y, const double chi_cutoff, const int continuous_phenotype, const int positive_only);
+int passStatsFilters(Kmer& k, const arma::vec& y, const double chi_cutoff, const int continuous_phenotype);
// seerChiFilter headers
double chiTest(Kmer& k, const arma::vec& y);
diff --git a/src/significant_kmer.cpp b/src/significant_kmer.cpp
index c4abc4a..e2fc1da 100644
--- a/src/significant_kmer.cpp
+++ b/src/significant_kmer.cpp
@@ -9,18 +9,17 @@
#include "significant_kmer.hpp"
Significant_kmer::Significant_kmer()
- :_num_covars(default_covars)
+ :_line_nr(0), _num_covars(default_covars)
{
}
Significant_kmer::Significant_kmer(const int num_covars)
- :_num_covars(num_covars)
+ :_line_nr(0),_num_covars(num_covars)
{
}
Significant_kmer::Significant_kmer(const std::string& word, const std::vector<std::string>& samples, const double maf, const double unadj_p, const double adj_p, const double beta, const double se, const std::string& comments)
- :_word(word), _samples(samples), _maf(maf), _unadj_p(unadj_p), _adj_p(adj_p), _beta(beta), _se(se), _comment(comments),
- _num_covars(default_covars)
+ :_line_nr(0), _word(word), _samples(samples), _maf(maf), _unadj_p(unadj_p), _adj_p(adj_p), _beta(beta), _se(se), _comment(comments), _num_covars(default_covars)
{
}
@@ -47,7 +46,7 @@ std::istream& operator>>(std::istream &is, Significant_kmer& sk)
// Ignore the covariate fields
for (unsigned int i = 0; i < sk.num_covars(); ++i)
{
- line_stream.ignore(std::numeric_limits<std::streamsize>::max(), ' ');
+ line_stream.ignore(std::numeric_limits<std::streamsize>::max(), '\t');
}
line_stream >> comments;
@@ -97,6 +96,35 @@ unsigned int Significant_kmer::num_covars() const
return covars;
}
+// Returns the reverse complement of a k-mer
+// Thanks to http://stackoverflow.com/questions/33074574/creating-complement-of-dna-sequence-and-reversing-it-c
+// for good c++11 style
+std::string Significant_kmer::rev_comp() const
+{
+ std::string rev_seq(_word);
+ auto lambda = [](const char c)
+ {
+ switch (c)
+ {
+ case 'A':
+ return 'T';
+ case 'G':
+ return 'C';
+ case 'C':
+ return 'G';
+ case 'T':
+ return 'A';
+ default:
+ throw std::runtime_error("Invalid nucleotide");
+ }
+ };
+
+ std::transform(rev_seq.cbegin(), rev_seq.cend(), rev_seq.begin(), lambda);
+ std::reverse(rev_seq.begin(), rev_seq.end());
+ return rev_seq;
+}
+
+
// Returns number of excess columns (i.e. number of covariate fields)
int parseHeader(const std::string& header_line)
{
diff --git a/src/significant_kmer.hpp b/src/significant_kmer.hpp
index bd27aff..56c3621 100644
--- a/src/significant_kmer.hpp
+++ b/src/significant_kmer.hpp
@@ -11,6 +11,7 @@
#include <vector>
#include <iterator>
#include <algorithm>
+#include <stdexcept>
const int default_covars = 0;
const int standard_cols = 7;
@@ -25,6 +26,7 @@ class Significant_kmer
Significant_kmer(const std::string& word, const std::vector<std::string>& samples, const double maf, const double unadj_p, const double adj_p, const double beta, const double se, const std::string& comments);
// nonmodifying operations
+ long int line_number() const { return _line_nr; }
std::vector<std::string> samples_found() const { return _samples; }
std::string sequence() const { return _word; }
double maf() const { return _maf; }
@@ -35,8 +37,10 @@ class Significant_kmer
std::string comments() const { return _comment; }
std::vector<double> covar_p() const { return _covar_p; }
unsigned int num_covars() const; // Defined in significant_kmer.cpp
+ std::string rev_comp() const; // Defined in significant_kmer.cpp
// Modifying operations
+ void set_line_nr(const long int line_nr) { _line_nr = line_nr; }
void p_val(const double pvalue) { _adj_p = pvalue; }
void unadj_p_val(const double chi_pvalue) { _unadj_p = chi_pvalue; }
void beta(const double b) { _beta = b; }
@@ -46,6 +50,8 @@ class Significant_kmer
protected:
+ long int _line_nr;
+
std::string _word;
std::vector<std::string> _samples;
diff --git a/test/6259_5_16.fa b/test/6259_5_16.fa
new file mode 100755
index 0000000..50c04b6
--- /dev/null
+++ b/test/6259_5_16.fa
@@ -0,0 +1,35643 @@
+>ERS019174.6259_5_16.1
+GACAAGCTGGTAAAATCTTGGCTGACAGTGGTTATCAAGGGCTCATGAAGATATATCCTC
+AAGCACAAACTTCACGTAAATCCAGCAAACTCAAACCGCTAACAATTGAAGATAAAGTCT
+ATAACCATGCGCTATCTAAGGAGAGAAGCAAGGTTGAGAACATCTTTGCCAAAGTAAAAA
+CGTTTAAAATGTTTTCAACAACCTATCGAAATCATCGTAAACGCTTCGGATTACGAATGA
+ATTTGATTGCTGGTATTATCAATCATGAACTAGGATTCTAGTTTTGCAGGAAGTCTATTA
+TCAAAAATACCATCAGGATTATATAAGATTGATACAGGAAAAGTTTTATTTGATGGTGTA
+AATATTAATCAAATAGATAAAAAAATATTAAGTCAAAATTTAGGAGTAGTTCCACAGGAT
+TCGTTTTTATTGAACAGAAGTATTCTTGATAACATAACTTTAAAGCACGAAGTTACTTCA
+CAAAAGATAGAGGAAGTTTGTAAAGCAGTTCAAATCTATGATGAAATCATGGCTATGCCG
+ATGAAATTTAATACTATCATCTCAGAGATGGGTTCAAATATTTCAGGTGGTCAAAGACAA
+CGGATAGCACTGGCACGTGCATTAATAAATAATCCTAGTATTGTAATTTTAGATGAAGCA
+ACTAGTGCTTTAGACACTATTAATGAGGAAAGAATAACAAAGTATATAAAAAGTCAGGGC
+TGTACTCAAATAATTGTAGCTCATAGATTGTCAACGATTAAGGATGCGGATATTATTGTT
+GTAATGAAAGGTGGTAAGATTGTTGAGTCAGGAAATCATAAGTACTTAATGGATCTTGGT
+GGAGAGTACTACAGCTTATATACAAAAAGGAAATGAGGTGTAAAGAAAATGAAGAAAGAA
+AATGAATATGTAATTTTAACAACAGCCTCACTAGGGGTGATGATTGGAATAGTGTTTGCA
+ATTTTTTTAGATTTTCCAGTTGAATATGGTATTTCTTTAGGATTGTTGAATGGAATAGTA
+TTGGGTTCGCTGATTGTTTACAAAAACAATAAGAATTAAGCATAATTTTTTGCTGTACAC
+TAAGGAGTAGAGATGGCTATAGTTGAAATTATAAATCTAACAAAAAGCTTTAAAGATATT
+GAAGTTATTCATAACACTTAAATAATAGAGCAACTACAGTAGTAGCTTAAAAACATGATT
+AAATCGCTATTCTTAGGAGTAGCGTTTTTTCTTTTTGTTTAATACTCTTTGAAAATCTCT
+TCAAACCACGTCAGCTTTGCCTTGCCGTACTCAAGTACAGCCTGCGACTCGCTTCCTAGT
+TTGCTCTTTGATTTTCATTGAGTATAAAAAGGGTTAAGTAAGTATAGTAAATTGAAATAA
+GATATGAACAAATCGATTAGAAAAGTCAAATTAATTTCTAGAAATATGTTAGAAATTGGT
+TTGAATTCCGCAATTAATTTGTTCAGTTTTTATTTTATTTAATTAGAATTTCCCAACTGT
+CTAACTCAACTAAAAATCCCCAATCGTAGTGATTGAGGATTAAGCAAATAAATCTTAAAC
+AATACCTTGTGCAATCATAGCGTTTGCTACATTTTCAAAGGCAGCAATGTTAGCTCCTGC
+AAGGTAGTCTTTATCAAGACCATATGTTTCTGAAGTTGTTTTAGCTGTGTTAAAGATGTT
+GGTCATGATGTCTTTGAGACGTCCATCAACTTCTTCACGAGTCCATGAGAGGCGAAGGCT
+GTTTTGGCTCATTTCAAGGGCTGAAACGGCTACACCACCAGCGTTGGCAGCTTTGGCAGG
+TCCGTAGAAGATACCATTTTCTTTGTAAACTTTGATGGCATCAAGGTTGCTTGGCATGTT
+GGCACCTTCAGATACACAGATAACGCCTTGAGCAACCAAACGTTTAGCTGCTTCACCGTT
+GATTTCGTTTTGAGTAGCACATGGAAGCGCAATGTCATAGTTTCCAGCGTAAGTCCATAC
+AGAACCTTCATGATAAGTAGCAGTTGCTTTCTCAGCTGCATACTCAGTCAAACGAGCGCG
+ACGTTTTTCTTTAACATCAACCAAAAGATCGAAGTCGATACCGTTTTCATCGATAACATA
+GCCGTTTGAGTCAGAAACAGAGATAACTGTTGCACCAAGTTCGGTTGCTTTTTGAAGAGC
+GTATTGAGCAACGTTACCAGAACCTGAAATAACCACTTTCTTACCAGCAAAGCTGTTACC
+GTTAGCTTTGAGCATTTCTTCAGTATAGTAAACCAAACCGTAACCAGTTGCTTCTGGACG
+AATCAAGCTACCACCAAATCCAAGAGGTTTACCAGTCAAGACACCAGCATCAAATTGGTT
+AAGACGCTTGTATTGACCGTAAAGGTAACCAATCTCACGTCCACCAACACCGATATCACC
+AGCAGGTACGTCAAGTGATGGTCCAATGTGTTTTTGCAATTCAGTCATGAAGCTTTGGCA
+GAAGCGCATCACTTCAGCATCTGTTTTACCTTTAGGATCGAAGTCTGATCCACCTTTACC
+TCCACCGATAGGAAGTCCAGTCAAGACATTTTTAAAGATTTGTTCAAATCCGAGGAATTT
+CAAGATCCCTTGGTTTACAGTTGGGTGGAAACGAAGTCCACCTTTGTATGGTCCAACAGC
+TGAGTTGAATTGAACACGGTAACCACGGTTTACTTGAATTTTTCCATCACGGTCAACCCA
+AGGAACACGGAAAGAAACCACGCGCTCAGGCTCAGTAATACGTGCCAAGATATTTTCTTC
+GATATACTCAGGGTGTTTTTCAAATACAGGTTCTAAAGTGTTGAAAAATTCTTCAACAGC
+TTGGAGGAATTCAGCCTCGTGCCCGTTACGAGCTTTCACAGTTTCAAACACGCTTTGGAT
+ATATTCTTTAGCAGATGTCATATCGTTCTCCTTTTATTGTCATATTTTATTACATAAGAC
+ATTATAGCAGAATTTTTTTTCACTGTAAAGAAAAAACAGAAATTTTCTAAAAATTCTTTC
+AATTCAGTTTTTTGGTTTTTTTGAAAATAGATAAAAAAACGAACGTTTTTCTTGGAAATA
+TCTTTCTCAAAGACAAAATCTTAAAGTATGCTATAAGAAAAGAAAATGTTTAGCAATTCA
+GAAATCACTTGTTAATTTATCCGTGATATGTTAGATTTGCCAGTAAAACTATGACCATTT
+TGGAGGAAAGCAATATTTATACCAGACTAAAATCAAAAAGCATTATATAATAGTAATATG
+AAATCAACTAAAGAAGAAATCCAAACCATCAAAACACTTTTAAAAGACTCTCGTACAGCT
+AAATATTATAAACGCCTTCAAATCGTTCTATAGTAAAATGAAACTAGAACAGGACAAATC
+GATTTCTAACAATGTTTTAGAAGTAGAGGTGTACTATTCTAGTTTCAATCTANNNNNNNN
+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATTTCGTCTGATGGGCAAATCTTATA
+AAGAGATTATAGAGCTTTTAGACTGTAATCAAACAACGATTTGGCGAAACGTAAAAAAAT
+ATGAGGAGTTCGGACTCGACTCTCTCCTTCAAGAAACACGTGGTGGTCGTAACCATGCAT
+ATATGACAGTTGAGGAAGAGAAAGCCTTTCTTGCCCGTCATTTGAAGGCTACAGAGGCAG
+GAGAATTTGTTACAATTGATGCCTTATTTCAGGTTTATAAAAAGGAGTGTGGATGAACGC
+CTTTTTAGAAGAGCTTTCACAAGCTTATCCTTTTACTCGTTATGGACAATGCTATATGGC
+ATAAATCAAGTACCTTAAATATTCCGACTAATATTGATTTTACCTTTATTCCTCCATACA
+CACCAGAGATGAACCCATTGAACAAGTGTGGAAAGAGATTCGTAAACGTGGATTTAAGAA
+TAAAGCCTTTCGAACTTTGGAAGATGTCATGAATCAACTTCAAGATGTCATACAAGGACT
+GGAGAAGGAGGTGATAAAGTCCATCGGTAATCGGAGATGGACTAGAATGCTTTTTGAAAG
+CAGATGAGTATAAGTCCTCGTTTTGAAACCTTAGAGCAGGCCATTGCCTCCAAAGATTTG
+GAAAAAGTCCGAGAAGCTTTTAAGAAAATGAATTCCACTTGGACCATCAATGAAAGTGTG
+GTTCGTGACAATAGTATAGCTCATTATGGACGTGTTGAAACAGCTATTTCCTTCCTGCCT
+AGTAGCATGGAAATCGAACCTACAGATGAGTCTGGAACATGAAAACAGCAGTTGATTTCA
+AGAAACAAAAAAGAACAGCCAAAACTGTTCTCTTATCATTATTTGAGACCGTATTTTTTG
+TTGAAACGATCCACGCGTCCATCTGCTTGAGTGAACTTTTGACGTCCAGTGTAGAATGGG
+TGTGAGTCTGATGAAATTTCCACACGGATCAATGGGTAAGTTTCGCCTTCGAACTCAACT
+GTTTCGTTAGAGCGTTTTGTTGAACCGCTAAGGAATTGGTAACCAGTAGTTGTGTCCATG
+AAGACAACTGGGCGATATTCTGGATGGATATCTTTTTTCATTTTGCAATATTTCCTTTCT
+GCCATGGTCTCTTTGCGAGCCATAGATTGTTACTATACTAGTCTATCAGATTCTGAAAAG
+TTTGGCAAGTATTTTATCAGTTTTTAAGCAAGTTTTTTAACTTTTGGTAGATGATTTCGT
+TTTCTTCTAGGCTATAGGAATTAGCACCACTTGCTAGAGGGTGGCCTCCACCATCATGCT
+CCTTGGCAATTTCATTGATAGGATGGACTTTACTGCGTAAGCGAACTCGGTAGTGGCCAT
+CAGCCTGTTCGACAAAAATTCCCCAGAGACTCACTCTGTCAATGCGTCCAGGTGCACCTA
+CAATGGCCGCAGTTTCAGCATCGGTTATATTGTATTGTTTCAAGATTTTCTGACTCAGGA
+TAACGCGAGCAGCACCATTTTCATCCACTTCCAGATGGTCGTAGATGTAGCCTTGCAGTT
+TAGCAATTTTGTAGCTCATAGTGTCCATTTTGCGAGTGAGAGCCGCAAAGTCAAAGTTAT
+GTTCTCTCAAATAAGCAGCCAGGCGAAGAGTCCGTGCAGTGGTAGAAGGGTAGAGGAAGC
+GACCTGTATCACCGACAATTCCTGCAAAGAGCAACTCAGCATCGCGATCTGCCAAGGCTA
+GTTGGGTTGTTTGGGCAAATAGGGTAATCATCTCGCTAGCGCTACTTGAACTAGTATCGA
+CCCAAGACAGGTCACCGTATACATCATCATTTGGATGGTGGTCAATCTTAATGAGAAAAT
+CACCTTGACTATAGCGCTTATCATCGATACGAGCAGTATTAGCTGTATCACAGACGATGA
+CAAGTGCGCCTTGGTAGGCTCTATCTTCAACAAGATCCATCTCAGCCATCCAAGTAAGAG
+TTGGTTCATCAAAACCGACGGCTTTGATGGTTTTTTCTGGGAAATGATGTTCTAGCAAGG
+CTTTCAATCCCACCTGACTTCCCAAGGCATCAGGGTCTGGTTTCATATGACGATGAATGA
+TAATGGTGTCGTATTCTTTAATTTTTTCTAAAATTTGTTGGCAAATCTCCATAAATAACC
+TCAATTCTTTCTCATTTCATTGTAGCACAAGAATTTTTATTTTTAAAATGAAAAAGATGT
+GATATAATGGAGAAAGATAAATTGAGGAGGACGATATGGCATTAGCAAAAATTGTATTTG
+CCAGTATGACCGGTAATACCGAAGAAATTGCAGATATTGTAGCAGACAAATTACGTGACT
+TGGGCTTGGATGTTGATGTTGATGAATGTACAACTGTTGACGCTTCAGACTTCTTGGAAG
+CAGACATCGCTATCGTTGCGACCTATACTTATGGTGATGGTGAATTGCCAGATGAGATGA
+TGGACTTCTACGAAGACCTAGCAGATCTCAACTTGAATGGCAAAATCTACGGAGTGGTCG
+GCTCAGGAGATACCTTCTACGATGAATTTTGTAAGGCTGTTGATGACTTTGACCGTGTCT
+TTGTGTCAACAGGAGCAGAAAAAGGTTCAGAGTGTGTTAAAGTTGATCTTTCTGCCGAGG
+AAGAAGATATTGAACGCTTGGAACAATTCGCAGAAGAATTGGCTGCTAAAGTAGGATAAG
+CATAAAAGTGCGCTGATGTAATCAATCAGTGCATTTTTCTTATCGAGAGTTGGGATTTTA
+CTAGCCTAATTGATGGCTTTTTGATACAATAATTCAAATAAAGGAGGAGACTGTATGGAT
+TTAGATATTATTCGTCAAGAAATCGATCAAATCGACGACCAAATTGTCAAACTGTTAGAA
+GAACGAATGCACTTAGTTGAAGGAGTTGTCGCTTATAAGAAGGCTTCAGGGAAACCGATT
+TTAGATACTAAGAGAGAAGCAGTTATTTTTGAAAAGGTTGGGAGTCGTGTAGAGGACAAG
+CGCTATAAGGAGACTATTGTAGCGACTTTTTCGGACATACTCAAACGTTCGCGTGATTAT
+CAGGATCAAAATATCAAATGAAAAAAGAACAATTTTATCCGCTAGGAATTTTTCTAGCTG
+CTATGTTGGGCGGACTTGTCCGATATCTAGTTTCCACCTGGTTACCAGCCAGTCCAGACT
+TTCCTTGGGGCACTCTCTTTGTCAACTATCTGGGAATTTTCTGCTTGGTTTATCTTGTCA
+AGGGCTATCTGGTCTATAAGGGGACTAGTAAGGGCTTGATTTTAGCACTGGGGACGGGTT
+TTTGCGGAGGTTTAACAACTTTTTCCAGCCTAATGCTTGATACTGTGAAGCTGCTTGATA
+CAGGGCGTTATCTTAGTTTGATACTGTATTTGCTTTTGAGTATCGGTGGAGGCCTGCTTT
+TAGCTTACTATTTGGGGAGGAAGAAATGGTAATCGTCTATCTTGCAATCGCCTGTGGCTT
+GGGAGCACTCGTACGGTATTTCTTTTCTCGCTATAATCAAGCTTCTAAATTGCCACTCGG
+AACGCTCATAGCTAATCTTTTAGGTTGTTTTTTAATTGGAGTATTCTACAATCATGTAGA
+GTCTAAGGAAGTATATGCTATTCTAGCAACAGGATTTTGTGGCGGTTTAACAACTTTTTC
+GACCTTGAATGACGAACTTCAAAGACTGCTAAGTGATAAGAAGGTCTTTTATTCTTACCT
+GACTTTGACTTACATAGGTGGTTTGGTTGCGATTTTTTTAGGAATTTTGCTATAAATTTC
+TTTACTTTTTTTTAGAAATTTGGTAAACTGTATCTTGTGTGTAATGGACGCACAAAAATA
+CAGTTTATCCGCTGAGGAAGATTCCTCAAGATTGACAAAGATAGGAGAATAAAATGAATC
+CATTAATCCAAAGCTTGACTGAAGGTCAACTTCGTACAGATATCCCATCATTCCGTCCTG
+GTGATACTGTTCGTGTACACGCGAAAGTTGTCGAAGGTAACCGTGAACGTATCCAGATTT
+TTGAAGGTGTTGTTATCGCACGTAAAGGTGCTGGAATCTCAGAAAACTACACAGTTCGTA
+AAATCTCTAACGGTGTAGGTGTTGAGCGTATCTTCCCAATCCACACTCCACGTGTTGAAA
+AAATCGAAGTTGTTCGTTACGGTAAAGTACGTCGTGCGAAATTGTACTACTTGCGTGCTC
+TTCAAGGTAAAGCAGCTCGTATCAAAGAAATCCGTCGTTAATTCGACTAAAAAACTCTGC
+TTTTCAGCAGAGTTTTTATCTAGCTCCCTTAGTTCAATGGATATAACAACTCCCTCCTAA
+GGAGTAGTTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGGCATGTAATTAGATATCAAAGAAGTTTGT
+CAAAAAGTCTTTGATATTAAAAGAACGCATAATATAGGGGATTGTCTCCATAATATTATG
+CGTTTTATTATTGAAAAATTTGGGCAATCATCAGATAAAATTGAGACTATATCGAGTATA
+TAAATGTTTATATAGTCAATTTATTCAAAATCGTCAAGTTCTAAATTATTTAAAGGACTA
+TAACATTCATATTTCTTTAAGTAATTGTTTATTTCTTCAGCAGTGGAACGAGGTAAATTA
+ACTCTTAAATAGTCAATATCTTCCTTAGATAAAAAATGATTTGCATTCAAAATTGAGAAG
+CGAAATAATGCTTCATCAAAAGCAAAATCATAATCGTCATCAGATAATGATTCCATTAAT
+GTTTGAATATGTTTTAGTGAGTAGTCAGGTATCGAATCGGGATAATATACTGGATAATCA
+GTGGCTGAAAAATTGTTTTCTAATCCTGAAATAGTAATTATCAAAGATTCTATGTAATAT
+ATTAAAGCATGTTTAATATTACCTTCTTGTTCCAAATGTCTTCCCTGAGCCTTTCGTGTG
+TTAGATAAGCATCCAAAATCTCCTGATACAGTATTCCTATGAGCTTGTTTATTTAAGAGA
+CTCCATTTTATATCACCAAAAGTTGCTTTAAAAGAGATATTGTTTTTTTCTTTACAATAA
+TCTTCCATAGTTATGTCTTTATCATAGTATGCTTTGATATAGTCACTATGTTCGATAATA
+AGATTTTGTGCTTCTTTTGTTAGTTTAAATTCGAACGGAATATCTAAATTGTCAATGTTA
+ACATTATTAATTATTCTTGTAATTAATTCTGCTTTTTTTCCAGAAGTAGCTAAATTATGT
+TTAGATAATATAGTTTTTAATTCTACTACTGTAAGATATGATAAAGTCTTATTTTTAGTG
+AAGTATCCTAATTTGTATAATTGATTGTGTGTAGATTCAGGGTCAATTTGAAGAGAGTAT
+TTAAAATATCTTGGGAAATTATAATTTCTCCCTGTTTTTTGAGTCCAATCTATGAGTATG
+AGTTGCCCAGGAGTAAGGCCACATTCTAATTCGTTTAGGTAAAAATTGTTACAATCAGAA
+TTTGTGTCTCTATTATGATTATTTTGTTTTAAATTAAATAGTTTGCTAAAAAAATTCATT
+GGATTTTATTGCTAATCAATTCTTATTGAAAAATGATACTTTTACAGTACCCATGTACGG
+ATGGCATGGGCAACGCCAGATTCATCATTAGATTTAGTGATGTATTTGGCGATTTTTTTG
+ATTTCTGGATTTCCATTTTCCATGACAACAGGGTTGCCAACGACTTCCAGCATGGCACGG
+TCATTTTCTTCGTCTCCGATAGCCATGGTTTCATCTTTGGTTAATCCTAGTTTTTCAGCT
+AAGTGAGTAATAGCTGAACCCTTGTCTACATTCTTTTTAAGGAGTTCGAGGTAGAAAGGA
+GCAGATTTGTTGATAGAGTAGTGCTCGTAAAATTCGGCTGGTATTTTTTCAATCGCAGCA
+TCGAGAATTTCTGGTTCATCGATAAACATACATTTAACAATTTCTTTGCCAGCCATTTCT
+TCAGGGGTACGGTAGAAGATAGGCATGCTGACGAGGGTTGATTCGTGTACAGTGTATGTT
+CCGATATTGCGATTTGCAGTATAGATACCGTCCTTGGTAATGGCATGCATGTGGACACCG
+AGCTTGCGACTGAGGAATTCCATATCCAGATAATCCTCATAGGTCAAGGATTCGCTGATA
+ATCTCATGGCCAGTAGCAGTTTCTTGGACAAGGGCACCGTTGAAGGTCACGACATAGTCA
+CCCTCGTCTCTCAACTGCAGGTCGTCCAGAAGCTTGGCAACACCTGCGATGGGGCGGCCA
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+CTAATCGAACGACCACAACTTTTTCAGCCAGATTGTGAACAATATCTGTGTGAGGAATCG
+CTACATTTGGCAAGTCCTTTCCTAGAAATTCCATATCTAAACCAGTTGGAAATGACTTTT
+CACGCGTGATCAAGGCTTCACGATAAGTAGGAGTGACAATTTCTCGTTCTTCCAACAAGC
+TTGCTACCTGATCAAAGAGTTGTTCTTGATTATCCGCTTCTAAGCAAAACACAAGGTTTT
+TGTCAAAGAAATAATCTAATACCATAAG
+>ERS019174.6259_5_16.85
+AGAGCCTGATTGACCACCTCAGCACTTTTATTTGGAATCAATCGGATGATCTGATGTCTA
+CTCTTTCGATCCGTCAAGACAAGCAAGCAGTAGTTTTTCGATCTCGTAAGTAGAACCGTA
+TCAATCTCATAATGCCCATTCTCCAAGCGAAGATTGATAGCTTCAGGCCGCTGTGCGATG
+GATTGACCAGCAGGTTTAAAGTTGGTGCTAGCCTGTTTCTTAAGCGCTTTTCCTTTTCTA
+GGGTAAAGCAGATCCTGTTTGCTTAACCCCAATTTTCCATGATGAATCCAATAGTAAATG
+GTTGAAATTCCCACGTTAACCCCTTTAGCCATAACCATCATTTCAGGCAAAAATTTTTGG
+TTATGATAGTGGAGAATCTTTTCCTTTAGTTCCTTGGTCAAGCTTGATTTCTTGACCGAG
+CGCTTGCGATTGTTTTCATAAGACTGTTGAGCATAGTCGGCAGAATAAACCTCTTTGAAG
+CGCCCTTTTCCAAGACATTAGACTTGTTCGGAATCTAGTTCACTTCATAATTGATGATGG
+CACAAATTAATTCCGCCCGTAACTC
+>ERS019174.6259_5_16.86
+CAAATTTATTTGAAAGCTTCTCTAAGCTATATCCTTGTTTTCTAAGTTCATAGATCTGAA
+CTTTATCATCATAACTTAATTTCATAATAAAAACACCCCAAAAAGTTAGATTTTTTCTGT
+CTAACTTTTTGGGGGGCAGTACACTACACCTACTATTATACGTTTTTATCATTTTGAAAT
+CTACTGCTAATCAATGAAGAAGCAAAGATCAAACTAGGCAGCTAGTTACAAGTTACGTAA
+GCGCGTCATAACAAGGTATCTATCCTAATTCCCCAACTTCCAGTATACTAGATAAAAAAT
+AATTATCGGAGGAAAGGTATTGTACTATGATAATTCAACTAAGTGATTTAGGTCAAGTTC
+ACCTTGTTTGTAGCAAGATAGATATGAGGCAGGGAATAGACTCATTAGCCTATGTAGTTA
+AAACCCACTTTGAATTGGATCCTTTCTCCGGTCAAGTCTTTCTCTTTTGTGGTGGACGTA
+AAGACCGCTTTAAAGCCCTTTACTGGGATGGTCAAGGATTTTGGCTACTATATAAACG
+>ERS019174.6259_5_16.87
+TTTCACTTTAAACATGATTTTTCTTGTCTTCCTGAGATTATGTCTTGGGACGTTGAAACA
+GTCCGGGTAGTGACTGTTTCAATCGGGAGATGGAGATGAGCTTTATTGCGCAAGATTTTG
+ACAAGCTCAATATCATCACTGTTCTTGAGGGAAGAACACAAGCTATCATTCGAAATCACT
+TTCTTCGCTACGATAGAGCCGTCCGATGTCGCGTCAAAATCATTACTATGGATATGTTTA
+GCCCTTACTATGGCTTGGCTAAACAGCTTCGCTTTCAAATTTCTAGGCTCAGGCTGAAAC
+AGTCTCCCAGGCTGTTTCACTCCCGAATGCTAAAATCGTTCTTGATCGCTTTCACATTGT
+ACAACATCTTAGCCGTGCTATGAGTCGTGTGCGTGT
+>ERS019174.6259_5_16.88
+AATGGTAGAACAGCTTTTGGATAAGGTGTTGCTCTATGACAATTCATCTATCTAGCCTAG
+GGGAGGTCTATCTCGTGTGTGGGAAAACTGATATGAGACAAGGAATCGATTCACTGGCTT
+ATCTGGTTAAAACCCACTTTGAATTGGATCCTTTCTCCGGTCAAGTCTTTCTCTTTTGTG
+GTGGACGTAAAGACCGCTTTAAAGTCCTTTACTGGGATGGTCAAGGATTTTGGCTACTAT
+ATAAACGCTTTGAGAACGGCAGATTGATTTGGCTAAGTACAGAAAAGGATGTCAAAGCTC
+TCACACCAGAACAAGTAGACTGGCTTATGAAGGGCTTTTCTATCACTCCAAAAATATAGT
+AGATTGAAACTAGAATAGTACACCTCT
diff --git a/test/all_structure_new b/test/all_structure_new
index 09d534b..a41953b 100644
Binary files a/test/all_structure_new and b/test/all_structure_new differ
diff --git a/test/assembly_locations.txt b/test/assembly_locations.txt
new file mode 100644
index 0000000..14aa32a
--- /dev/null
+++ b/test/assembly_locations.txt
@@ -0,0 +1 @@
+6259_5_16 6259_5_16.fa
diff --git a/test/map_in.txt b/test/map_in.txt
new file mode 100644
index 0000000..31a2264
--- /dev/null
+++ b/test/map_in.txt
@@ -0,0 +1,2 @@
+sequence maf unadj_p_val p_val beta se covar1_p covar2_p covar3_p comments
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAT 0.055 1.379e-02 4.776e-02 1.819e+00 9.189e-01 4.800e-01 9.382e-01 9.666e-01 bad-chisq 6259_5_16
diff --git a/test/run_test.pl b/test/run_test.pl
index 4a21877..3ee8e44 100755
--- a/test/run_test.pl
+++ b/test/run_test.pl
@@ -15,12 +15,16 @@ sub do_test($$$$)
my $fail = 0;
my $outfile = tmpnam();
- system("$command &> $outfile");
+ my $errfile = tmpnam();
+ system("$command > $outfile 2> $errfile");
- my $diff = `diff -q $outfile $file`;
- if ($diff ne "")
+ my $outdiff = `diff -q $outfile $file.o.txt`;
+ my $errdiff = `diff -q $errfile $file.e.txt`;
+ if ($outdiff ne "" || $errdiff ne "")
{
print STDERR "FAILED test $num, $name\n";
+ print STDERR $outdiff . "\n";
+ print STDERR $errdiff . "\n";
$fail = 1;
}
else
@@ -33,13 +37,14 @@ sub do_test($$$$)
return($fail);
}
-$exit_status = do_test("$seer_location/seer -k example_kmers.gz -p subset.pheno", "test1.txt", 1, "basic filters");
-$exit_status= $exit_status || do_test("$seer_location/seer -k example_kmers.gz -p subset.pheno --pval 1 --chisq 1", "test2.txt", 2, "binary phenotype assocation");
-$exit_status = $exit_status || do_test("$seer_location/seer -k example_kmers.gz -p subset.pheno --pval 1 --chisq 1 --maf 0.1 --print_samples", "test3.txt", 3, "print output");
-$exit_status = $exit_status || do_test("$seer_location/seer -k example_kmers.gz -p subset.cont.pheno --pval 1 --chisq 1 --maf 0.1", "test4.txt", 4, "continuous phenotype assocation");
-$exit_status = $exit_status || do_test("$seer_location/seer -k example_kmers.gz -p example.pheno --struct all_structure_new --pval 1 --chisq 1", "test5.txt", 5, "assocation with population structure");
-$exit_status = $exit_status || do_test("$seer_location/seer -k example_kmers.gz -p subset.pheno --covar_file covariates.txt --covar_list 2q,3 --pval 1 --chisq 1", "test6.txt", 6, "assocation with covariates");
-$exit_status = $exit_status || do_test("$seer_location/filter_seer -k filter_in.txt --pos_beta", "test7.txt", 7, "filter output");
+$exit_status = do_test("$seer_location/seer -k example_kmers.gz -p subset.pheno", "test1", 1, "basic filters");
+$exit_status= $exit_status || do_test("$seer_location/seer -k example_kmers.gz -p subset.pheno --pval 1 --chisq 1", "test2", 2, "binary phenotype assocation");
+$exit_status = $exit_status || do_test("$seer_location/seer -k example_kmers.gz -p subset.pheno --pval 1 --chisq 1 --maf 0.1 --print_samples", "test3", 3, "print output");
+$exit_status = $exit_status || do_test("$seer_location/seer -k example_kmers.gz -p subset.cont.pheno --pval 1 --chisq 1 --maf 0.1", "test4", 4, "continuous phenotype assocation");
+$exit_status = $exit_status || do_test("$seer_location/seer -k example_kmers.gz -p example.pheno --struct all_structure_new --pval 1 --chisq 1", "test5", 5, "assocation with population structure");
+$exit_status = $exit_status || do_test("$seer_location/seer -k example_kmers.gz -p subset.pheno --covar_file covariates.txt --covar_list 2q,3 --pval 1 --chisq 1", "test6", 6, "assocation with covariates");
+$exit_status = $exit_status || do_test("$seer_location/filter_seer -k filter_in.txt --pos_beta", "test7", 7, "filter output");
+$exit_status = $exit_status || do_test("$seer_location/map_back -k map_in.txt -r assembly_locations.txt --threads 1", "test8", 8, "map k-mers");
exit($exit_status);
diff --git a/test/test1.txt b/test/test1.e.txt
similarity index 51%
copy from test/test1.txt
copy to test/test1.e.txt
index 4c26080..c831bd1 100644
--- a/test/test1.txt
+++ b/test/test1.e.txt
@@ -1,4 +1,6 @@
seer: sequence element enrichment analysis
Detected binary phenotype
-sequence maf unadj_p_val p_val beta se comments
+Read 201 total k-mers. Of these:
+ Filtered 201 k-mers
+ Tested 0 k-mers
Done.
diff --git a/test/test1.o.txt b/test/test1.o.txt
new file mode 100644
index 0000000..a4cb8d1
--- /dev/null
+++ b/test/test1.o.txt
@@ -0,0 +1 @@
+sequence maf unadj_p_val p_val beta se comments
diff --git a/test/test1.txt b/test/test2.e.txt
similarity index 51%
copy from test/test1.txt
copy to test/test2.e.txt
index 4c26080..1cbf1e4 100644
--- a/test/test1.txt
+++ b/test/test2.e.txt
@@ -1,4 +1,6 @@
seer: sequence element enrichment analysis
Detected binary phenotype
-sequence maf unadj_p_val p_val beta se comments
+Read 201 total k-mers. Of these:
+ Filtered 27 k-mers
+ Tested 174 k-mers
Done.
diff --git a/test/test2.txt b/test/test2.o.txt
similarity index 99%
rename from test/test2.txt
rename to test/test2.o.txt
index c1c844e..3df1e97 100644
--- a/test/test2.txt
+++ b/test/test2.o.txt
@@ -1,5 +1,3 @@
-seer: sequence element enrichment analysis
-Detected binary phenotype
sequence maf unadj_p_val p_val beta se comments
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAT 0.055 1.379e-02 4.747e-02 1.830e+00 9.233e-01 bad-chisq
AAAAAAAAAAAAAAAAAATGCATATTTATCTTAGCAAAACGACGATTTAAATCGTCGTTTTTTTGTAGTACGACGGGCATGTCGTATATCTGAGGTGTAA 0.080 6.443e-03 1.580e-02 1.859e+00 7.702e-01 NA
@@ -175,4 +173,3 @@ AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTATAT 0.120 7.264e-01 7.266e-01 1.542e-01 4.408e-01 NA
AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTATA 0.125 9.144e-01 9.144e-01 4.626e-02 4.306e-01 NA
AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTA 0.125 9.144e-01 9.144e-01 4.626e-02 4.306e-01 NA
AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTGTATATATATATATATAT 0.055 6.589e-02 8.577e-02 1.366e+00 7.952e-01 NA
-Done.
diff --git a/test/test1.txt b/test/test3.e.txt
similarity index 51%
copy from test/test1.txt
copy to test/test3.e.txt
index 4c26080..d867800 100644
--- a/test/test1.txt
+++ b/test/test3.e.txt
@@ -1,4 +1,6 @@
seer: sequence element enrichment analysis
Detected binary phenotype
-sequence maf unadj_p_val p_val beta se comments
+Read 201 total k-mers. Of these:
+ Filtered 106 k-mers
+ Tested 95 k-mers
Done.
diff --git a/test/test3.txt b/test/test3.o.txt
similarity index 99%
rename from test/test3.txt
rename to test/test3.o.txt
index 1b25875..4bb0317 100644
--- a/test/test3.txt
+++ b/test/test3.o.txt
@@ -1,5 +1,3 @@
-seer: sequence element enrichment analysis
-Detected binary phenotype
sequence maf unadj_p_val p_val beta se comments samples_present
AAAAAAAAAAAAAAAAAAT 0.100 1.784e-02 2.494e-02 1.297e+00 5.786e-01 NA 7004_5#20 6805_2#22 6680_8#12 6983_3#64 6805_3#4 6830_3#21 6983_3#71 6259_5#16 7004_7#59 6983_4#74 6631_3#11 6731_3#13 7092_6#3 7092_6#4 6823_2#13 6631_3#20 6938_7#16 6731_3#23 6664_1#16 7004_8#75 6731_4#7 6938_7#24 6899_7#11 6259_6#16 6631_4#9 6775_2#22 6938_8#8 6736_7#7 6631_4#16 6938_8#10 6631_4#19 6259_7#4 7004_8#95 6736_7#15 6938_8#17 6631_5#2 6925_3#7 6983_5#20 7038_4#11 6673_8#24 7038_4#13 6925_8#11 6753_2#13 663 [...]
AAAAAAAAAAAAAAAAATGCATATTTATCTTAGCAAAACGACGATTTAAATCGTCGTTTTTTTGTAGTACGACGGGCATGTCGTATATCTGAGGTGTAAG 0.100 1.784e-02 2.494e-02 1.297e+00 5.786e-01 NA 6736_5#8 6775_1#5 6680_8#12 6899_6#2 6983_3#64 6805_3#4 6823_1#23 6830_3#21 6680_8#21 6983_3#71 6259_5#16 7004_7#59 6631_3#11 6664_1#2 7054_6#23 6664_1#3 7092_6#3 6631_3#16 7092_6#4 6823_2#13 6259_6#1 6899_6#21 6631_3#20 6938_7#16 6805_4#20 6664_1#16 6753_1#8 6259_6#14 6731_4#7 6259_6#16 6631_4#9 6753_1#12 6775_2#22 6736_7#7 6631_4#16 6673_ [...]
@@ -96,4 +94,3 @@ AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTATATA 0.120 7.264e-01 7.266e-01 1.542e-01 4.408e-01 NA
AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTATAT 0.120 7.264e-01 7.266e-01 1.542e-01 4.408e-01 NA 6631_3#11 6925_3#15 6925_3#19 6631_3#23 6972_2#8 6925_4#1 6972_2#10 6736_7#15 6925_4#3 6805_6#10 6925_4#4 6259_6#1 6805_6#13 6259_6#4 6631_4#9 6925_4#10 6755_3#7 7038_6#11 6805_6#21 6736_8#4 7038_6#12 6805_6#22 6755_3#12 6972_2#24 6805_7#1 6259_6#15 6805_7#2 6805_7#5 6736_8#12 6631_4#22 6925_5#2 6631_5#1 6925_5#3 6972_3#11 6680_4#1 6972_3#12 6736_8#18 6631_5#4 6259_7#2 6972_3#17 6680_4#8 6805_7#20 6680_4#10 6 [...]
AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTATA 0.125 9.144e-01 9.144e-01 4.626e-02 4.306e-01 NA 6631_3#11 6925_3#15 6736_7#4 6259_5#15 6925_3#19 6631_3#23 6972_2#8 6925_4#1 6972_2#10 6736_7#15 6925_4#3 6805_6#10 6925_4#4 6259_6#1 6805_6#13 6259_6#4 6631_4#9 6925_4#10 6755_3#7 7038_6#11 6805_6#21 6736_8#4 7038_6#12 6805_6#22 6755_3#12 6972_2#24 6805_7#1 6259_6#15 6805_7#2 6805_7#5 6736_8#12 6631_4#22 6925_5#2 6631_5#1 6925_5#3 6972_3#11 6680_4#1 6972_3#12 6736_8#18 6631_5#4 6259_7#2 6972_3#17 6680_4#8 680 [...]
AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTA 0.125 9.144e-01 9.144e-01 4.626e-02 4.306e-01 NA 6631_3#11 6925_3#15 6736_7#4 6259_5#15 6925_3#19 6631_3#23 6972_2#8 6925_4#1 6972_2#10 6736_7#15 6925_4#3 6805_6#10 6925_4#4 6259_6#1 6805_6#13 6259_6#4 6631_4#9 6925_4#10 6755_3#7 6736_8#4 7038_6#11 6805_6#21 7038_6#12 6805_6#22 6755_3#12 6972_2#24 6805_7#1 6259_6#15 6805_7#2 6631_4#22 6736_8#12 6805_7#5 6631_5#1 6925_5#2 6925_5#3 6972_3#11 6680_4#1 6631_5#4 6736_8#18 6972_3#12 6259_7#2 6972_3#17 6680_4#8 6805_ [...]
-Done.
diff --git a/test/test4.e.txt b/test/test4.e.txt
new file mode 100644
index 0000000..1eb4d12
--- /dev/null
+++ b/test/test4.e.txt
@@ -0,0 +1,6 @@
+seer: sequence element enrichment analysis
+Detected continuous phenotype
+Read 201 total k-mers. Of these:
+ Filtered 185 k-mers
+ Tested 16 k-mers
+Done.
diff --git a/test/test4.txt b/test/test4.o.txt
similarity index 94%
rename from test/test4.txt
rename to test/test4.o.txt
index d35d947..d55daea 100644
--- a/test/test4.txt
+++ b/test/test4.o.txt
@@ -1,5 +1,3 @@
-seer: sequence element enrichment analysis
-Detected continuous phenotype
sequence maf unadj_p_val p_val beta se comments
AAAAAAAAAAAAAAA 0.385 4.256e-01 4.331e-01 -6.599e+00 8.419e+00 NA
AAAAAAAAAAAAAAGTGTTAAAATAAAGAATGTAAACGTTTACTTCAACTAAGGAGCTCATATGTTACTGCAAAAAGAACTAATTCCAATGATAGAAGCT 0.105 6.903e-01 6.719e-01 -5.666e+00 1.338e+01 NA
@@ -17,4 +15,3 @@ AAAAAAAAAAAAAGTGTTAAAA 0.120 8.310e-01 8.190e-01 -2.888e+00 1.262e+01 NA
AAAAAAAAAAAAGTGTTAAAATAAA 0.120 8.310e-01 8.190e-01 -2.888e+00 1.262e+01 NA
AAAAAAAAAAAAGTGTTAAAA 0.120 8.310e-01 8.190e-01 -2.888e+00 1.262e+01 NA
AAAAAAAAAAAAGTG 0.120 8.310e-01 8.190e-01 -2.888e+00 1.262e+01 NA
-Done.
diff --git a/test/test1.txt b/test/test5.e.txt
similarity index 51%
copy from test/test1.txt
copy to test/test5.e.txt
index 4c26080..5092152 100644
--- a/test/test1.txt
+++ b/test/test5.e.txt
@@ -1,4 +1,6 @@
seer: sequence element enrichment analysis
Detected binary phenotype
-sequence maf unadj_p_val p_val beta se comments
+Read 201 total k-mers. Of these:
+ Filtered 23 k-mers
+ Tested 178 k-mers
Done.
diff --git a/test/test5.txt b/test/test5.o.txt
similarity index 99%
rename from test/test5.txt
rename to test/test5.o.txt
index 5b044c3..0066191 100644
--- a/test/test5.txt
+++ b/test/test5.o.txt
@@ -1,5 +1,3 @@
-seer: sequence element enrichment analysis
-Detected binary phenotype
sequence maf unadj_p_val p_val beta se covar1_p covar2_p covar3_p comments
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAT 0.034 2.162e-05 3.964e-11 1.862e+00 2.818e-01 4.097e-50 7.912e-27 6.002e-02 bfgs-fail
AAAAAAAAAAAAAAAAAATGCATATTTATCTTAGCAAAACGACGATTTAAATCGTCGTTTTTTTGTAGTACGACGGGCATGTCGTATATCTGAGGTGTAA 0.035 2.322e-07 6.657e-15 2.317e+00 2.974e-01 2.198e-50 3.034e-27 2.498e-01 bfgs-fail
@@ -179,4 +177,3 @@ AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTATAT 0.104 2.525e-04 7.361e-14 1.062e+00 1.419e-01 5.0
AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTATA 0.108 5.237e-04 2.913e-13 1.014e+00 1.389e-01 4.409e-52 9.751e-27 3.589e-02 NA
AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTA 0.108 4.490e-04 1.752e-13 1.024e+00 1.389e-01 4.117e-52 9.286e-27 3.785e-02 NA
AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTGTATATATATATATATAT 0.076 2.525e-06 1.508e-04 -5.398e-01 1.424e-01 8.933e-49 1.010e-26 6.291e-03 bfgs-fail
-Done.
diff --git a/test/test1.txt b/test/test6.e.txt
similarity index 51%
rename from test/test1.txt
rename to test/test6.e.txt
index 4c26080..1cbf1e4 100644
--- a/test/test1.txt
+++ b/test/test6.e.txt
@@ -1,4 +1,6 @@
seer: sequence element enrichment analysis
Detected binary phenotype
-sequence maf unadj_p_val p_val beta se comments
+Read 201 total k-mers. Of these:
+ Filtered 27 k-mers
+ Tested 174 k-mers
Done.
diff --git a/test/test6.txt b/test/test6.o.txt
similarity index 99%
rename from test/test6.txt
rename to test/test6.o.txt
index 6738e07..dabdda0 100644
--- a/test/test6.txt
+++ b/test/test6.o.txt
@@ -1,5 +1,3 @@
-seer: sequence element enrichment analysis
-Detected binary phenotype
sequence maf unadj_p_val p_val beta se covar1_p covar2_p covar3_p comments
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAT 0.055 1.379e-02 4.776e-02 1.819e+00 9.189e-01 4.800e-01 9.382e-01 9.666e-01 bad-chisq
AAAAAAAAAAAAAAAAAATGCATATTTATCTTAGCAAAACGACGATTTAAATCGTCGTTTTTTTGTAGTACGACGGGCATGTCGTATATCTGAGGTGTAA 0.080 6.443e-03 1.346e-02 1.919e+00 7.764e-01 3.663e-01 9.671e-01 7.761e-01 bfgs-fail
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AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTA 0.125 9.144e-01 8.209e-01 9.981e-02 4.408e-01 4.836e-01 7.758e-01 9.423e-01 bfgs-fail
AAAAAAAAAAAGCATTTTACTATTTTGTATATATATATATATAT 0.055 6.589e-02 9.701e-02 1.330e+00 8.013e-01 6.909e-01 7.888e-01 9.626e-01 bfgs-fail
-Done.
diff --git a/test/test7.e.txt b/test/test7.e.txt
new file mode 100644
index 0000000..4d6f06d
--- /dev/null
+++ b/test/test7.e.txt
@@ -0,0 +1,2 @@
+filter_seer: post filtering of significant kmers
+Done.
diff --git a/test/test7.txt b/test/test7.o.txt
similarity index 65%
rename from test/test7.txt
rename to test/test7.o.txt
index 61efc14..dd9f19d 100644
--- a/test/test7.txt
+++ b/test/test7.o.txt
@@ -1,155 +1,153 @@
-filter_seer: post filtering of significant kmers
-AAAAAAAAAAAAAAAAAAAT 0.055 1.379e-02 4.776e-02 1.819e+00 9.189e-01
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-AAAAAAAAAAAAAAAAAAT 0.100 1.784e-02 2.142e-02 1.343e+00 5.840e-01
-AAAAAAAAAAAAAAAAATGCATATTTATCTTAGCAAAACGACGATTTAAATCGTCGTTTTTTTGTAGTACGACGGGCATGTCGTATATCTGAGGTGTAAG 0.100 1.784e-02 2.303e-02 1.325e+00 5.830e-01
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-AAAAAAAAAAAAAAAAATGCATATTTATCTTAGCAAAA 0.115 4.668e-03 7.813e-03 1.524e+00 5.730e-01
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+++ b/test/test8.e.txt
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+Now mapping significant kmers...
+Done.
diff --git a/test/test8.o.txt b/test/test8.o.txt
new file mode 100644
index 0000000..37c964c
--- /dev/null
+++ b/test/test8.o.txt
@@ -0,0 +1 @@
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAT 6259_5_16:ERS019174.6259_5_16.46:342-361
--
Alioth's /usr/local/bin/git-commit-notice on /srv/git.debian.org/git/debian-med/seer.git
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