[Debian-pan-maintainers] deb2container: docker et apptainer

Wed Jan 24 16:35:00 GMT 2024

Hi guys,

Just to mention, I've added the apptainer Debian package (1.2.5) into 
our Debian repo:

  * https://data-analysis.synchrotron-soleil.fr/tmp/debian/

Once installed, just do:

  * apt install apptainer

regarding the GPU suppport, it seems indeed that the apptainer may need 
some in-depth tuning.

A simple VM does the job still...

E.

On 24/01/2024 15:48, PICCA Frederic-Emmanuel wrote:
> A ce propos... apptainer n'est pas packagé dans Debian si ?
>
> Je n'arrive pas à trouver le bon paquet...
>
> Sinon le problème observé est quand même embétant car cela prouve que ce n'est pas complètement indépendant du système...
>
> Je sens que nous allons nous amuser...
>
> On pourrait avoir cette discussion sur la mailing list pan comme ça nous aurions une trace pour envoyer les "décideurs pressés" qui nous expliquent que c'est la bonne solution et pas les vm..., sachant que nous n'avons pas encore abordé la partie GPU...
>
>
>
>
> ----- Le 24 Jan 24, à 10:42, Emmanuel Farhiemmanuel.farhi at synchrotron-soleil.fr  a écrit :
>
>> Salut Jerome,
>>
>> j'ai aussi vu ca quand je crée un apptainer 'meshlab'.
>>
>> Si je lance le build sur une bullseye Debian 11.
>>
>>     bin/deb2apptainer meshlab libglew2.1
>>     apptainer exec /tmp/deb2apptainer-chAuISMl/libglew2.1-meshlab.sif
>>     meshlab
>>
>> Et on obtient le meme message: no /etc/machine-id
>>
>>     QStandardPaths: error creating runtime directory '/run/user/23601'
>>     (No such file or directory)
>>     QStandardPaths: error creating runtime directory '/run/user/23601'
>>     (No such file or directory)
>>     dbus[282360]: D-Bus library appears to be incorrectly set up: see
>>     the manual page for dbus-uuidgen to correct this issue. (Failed to
>>     open "/var/lib/dbus/machine-id": No such file or directory; Failed
>>     to open "/etc/machine-id": No such file or directory)
>>        D-Bus not built with -rdynamic so unable to print a backtrace
>>     Abandon
>>
>> Ensuite je passe sur une bookworm, avec la meme version de apptainer
>> (1.2.5), et là tout passe sans pb.
>>
>> Quel est ton système de build ?
>>
>> Emmanuel.
>>
>> Le 24/01/2024 à 10:16, Jerome Kieffer a écrit :
>>> Salut Emmanuel,
>>>
>>> Tu as une idée de ce qui peut poser probleme:
>>> ```
>>> lintaillefer:~/workspace-400/pyFAI/applications % apptainer exec
>>> /tmp/deb2apptainer-kEInW3AM/pyfai-pyfai-doc-python3-pyfai-python3-pyfai-dbgsym.sif
>>> /usr/bin/pyFAI-calib2
>>> INFO:numexpr.utils:Note: NumExpr detected 12 cores but "NUMEXPR_MAX_THREADS" not
>>> set, so enforcing safe limit of 8.
>>> INFO:numexpr.utils:NumExpr   defaulting to 8 threads.
>>> QStandardPaths: error creating runtime directory '/run/user/7246' (No such file
>>> or directory)
>>> QStandardPaths: error creating runtime directory '/run/user/7246' (No such file
>>> or directory)
>>> dbus[1107957]: D-Bus library appears to be incorrectly set up: see the manual
>>> page for dbus-uuidgen to correct this issue. (Failed to open
>>> "/var/lib/dbus/machine-id": No such file or directory; Failed to open
>>> "/etc/machine-id": No such file or directory)
>>>     D-Bus not built with -rdynamic so unable to print a backtrace
>>> Aborted
>>> ```
>>>
>>> J'ai essayé d'inclure dbus-bin pour qu'il puisse generer le machine-id
>>> du conteneur ... ca devrait être fait a l'installation je pense.
>>>
>>> Tu as deja vu ce genre de bugs ?
>>>
>>> A++
>>>
>>> Jerome
>>>
>>> On Tue, 23 Jan 2024 17:32:29 +0100
>>> Emmanuel FARHI<emmanuel.farhi at synchrotron-soleil.fr>   wrote:
>>>
>>>> Bonsoir Jérôme,
>>>>
>>>> je viens de finir de stabiliser notre outil deb2container
>>>>
>>>>     *https://salsa.debian.org/science-team/deb2container
>>>>
>>>> Il permet de générer des conteneurs docker et apptainer automatiquement
>>>> a partir d'une liste de paquets Debian. Ca extrait aussi les 'desktop
>>>> launchers' et les modifie pour être lancé directement (et récupère aussi
>>>> les icones qui vont bien).
>>>>
>>>> Il reste juste à le pousser dans Debian Science. On va le backporter
>>>> vers Bullseye et Bookworm afin de pouvoir l'utiliser sur la plupart des
>>>> machines Debian/Ubuntu. De toute façon, c'est des simples scripts bash.
>>>> "Keep it simple, stupid !".
>>>>
>>>> Emmanuel.
>>>>
>>>> --
>>>> signature
>>>> / ___|__/\_| |   | ____|_ _| |      FARHI Emmanuel
>>>> \___ \\ | |   |  _|  | || |      Div Exp/Data Reduction and Analysis Team
>>>>     ___) /_  _| |___| |___ | || |___   Tel : +33 (1) 69 35 96 04
>>>> <callto:+33%20%281%29%2069%2035%2096%2004>
>>>> |____/  \/ |_____|_____|___|_____|  Saint-Aubin BP 48 - 91192 GIF/YVETTE
>>>> CEDEX
>>>> SYNCHROTRONhttp://www.synchrotron-soleil.fr
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