[Debian-pan-maintainers] État des lieux mi-juin 2023: ufo-tofu

Wed Jun 21 16:20:00 BST 2023

Bonjour,

Pour ufo-tofu, j'ai l'impression que la partie gui n'est pas très à 
jour… il y a à la fois des mentions de Qt4 et de Qt5 dans le code, alors 
que le fichier requirements-guis.txt ne mentionne que Qt5. J'ai patché 
ce que j'ai pu pour que la phase de chargement des modules (cf. 
https://salsa.debian.org/science-team/ufo-tofu/-/commits/master) mais 
j'arrive maintenant à un autre problème sur lequel je planche.

https://github.com/ufo-kit/tofu/issues/90 dit que "the GUI is not 
maintained anymore", je ne sais pas ce que ça implique ; tofu a une 
autre sous-commande, "tofu ez", qui semble être complètement écrite en 
Qt5 et qui lance une interface graphique aussi. Est-ce qu'elle remplit 
la même niche que "tofu gui" ?

Roland.

Le 16/06/2023 à 16:07, Emmanuel FARHI a écrit :
>
> Petite précision pour ufo-tofu. J'ai essayé sur une bullseye et sur 
> une bookworm.
>
> *Installation*:
>
> wget 
> http://ftp.ch.debian.org/debian/pool/main/p/python-qtpynodeeditor/python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb
> wget 
> http://ftp.bg.debian.org/debian/pool/main/u/ufo-tofu/python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb
>
> sudo apt install ./python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb 
> ./python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb
> Lecture des listes de paquets... Fait
> Construction de l'arbre des dépendances... Fait
> Lecture des informations d'état... Fait
> Note : sélection de « python3-ufo-tofu » au lieu de 
> « ./python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb »
> Note : sélection de « python3-qtpynodeeditor » au lieu de 
> « ./python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb »
> Les paquets supplémentaires suivants seront installés :
>   python3-pyqtconsole python3-versioneer
> Paquets suggérés :
>   python-python-versioneer-doc
> Les NOUVEAUX paquets suivants seront installés :
>   python3-pyqtconsole python3-qtpynodeeditor python3-ufo-tofu
>   python3-versioneer
> 0 mis à jour, 4 nouvellement installés, 0 à enlever et 2 non mis à jour.
> Il est nécessaire de prendre 0 o/234 ko dans les archives.
> Après cette opération, 1 419 ko d'espace disque supplémentaires seront 
> utilisés.
> Souhaitez-vous continuer ? [O/n]
> Réception de :1 
> /home/experiences/grades/farhie/python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb 
> python3-qtpynodeeditor all 0.2.0-2 [35,6 kB]
> Réception de :2 
> /home/experiences/grades/farhie/python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb 
> python3-ufo-tofu all 0.12.0-2 [137 kB]
> Sélection du paquet python3-pyqtconsole précédemment désélectionné.
> (Lecture de la base de données... 1549507 fichiers et répertoires déjà 
> installés
> .)
> Préparation du dépaquetage de .../python3-pyqtconsole_1.2.2-1_all.deb ...
> Dépaquetage de python3-pyqtconsole (1.2.2-1) ...
> Sélection du paquet python3-versioneer précédemment désélectionné.
> Préparation du dépaquetage de .../python3-versioneer_0.28-1_all.deb ...
> Dépaquetage de python3-versioneer (0.28-1) ...
> Sélection du paquet python3-qtpynodeeditor précédemment désélectionné.
> Préparation du dépaquetage de 
> .../python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb ...
> Dépaquetage de python3-qtpynodeeditor (0.2.0-2) ...
> Sélection du paquet python3-ufo-tofu précédemment désélectionné.
> Préparation du dépaquetage de .../python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb ...
> Dépaquetage de python3-ufo-tofu (0.12.0-2) ...
> Paramétrage de python3-pyqtconsole (1.2.2-1) ...
> Paramétrage de python3-versioneer (0.28-1) ...
> Paramétrage de python3-qtpynodeeditor (0.2.0-2) ...
> Paramétrage de python3-ufo-tofu (0.12.0-2) ...
> Traitement des actions différées (« triggers ») pour man-db (2.11.2-2) ...
>
> *Utilisation*:
>
> farhie at re-grades-02:~$ tofu gui
> ERROR: Cannot import modules for GUI, please install PyQt4 and pyqtgraph
>
>
> *Installation dans un venv pip*:
>
> J'ai ensuite tenté une installation locale dans un venv.
>
> Installing collected packages: pyxdg, PyQt5-Qt5, versioneer, 
> PyQt5-sip, pycairo, pillow, parso, packaging, numpy, networkx, 
> coverage, qtpy, PyQt5, PyGObject, jedi, imageio, qtpynodeeditor, 
> pyqtconsol
>
> Installing collected packages: PyOpenGL, pyqtgraph
>
> Il semble ensuite qu'il y ait une dépendance sur
>
>   * sudo apt install libgirepository1.0-dev
>
> en creusant un peu plus loin on tombe sur le célèbre
>
>   * ValueError: Namespace Ufo not available for version 0.0
>
>
> Emmanuel.
>
>
> Le 15/06/2023 à 17:29, Emmanuel FARHI a écrit :
>>
>> Bonjour Roland,
>>
>> merci pour les nouvelles et le travail fourni.
>>
>>   * Croisons les doigts pour Jupyterlab. Ca va bien marcher à un moment !
>>   * Pour PySAXS, il ne faut pas hésiter à secouer le cocotier. Je
>>     viens d'envoyer un email en ce sens.
>>   * Pour eman2, ca a l'air en effet du pur cmake dans un conda
>>     (CONDA_PREFIX not found). Je ne suis pas expert non plus la
>>     dedans. Peut etre faut-il définir CONDA_PREFIX a la mano ?
>>   * Merci pour Demeter. Je ne vois pas pas très bien si les GUI
>>     arthemis et athena (https://salsa.debian.org/science-team/horae)
>>     sont alors disponibles avec la nouvelle librairie
>>     https://salsa.debian.org/perl-team/modules/packages/libdemeter-perl
>>   * Pour RefNX, je l'ai migré vers DONE dans la liste PaN.
>>
>> Pour la suite:
>>
>>   * ufo-tofu: j'ai l'impression que le GUI ne se lance pas.
>>   * nabu me semble un bon choix, et connaissant les développeurs, ca
>>     doit être relativement propre.
>>   * codra est fait par l'auteur de Spyder il me semble
>>   * orange/quasar, peut etre plus simple maintenant car des
>>     dépendances ont été ajoutées à debian depuis.
>>   * napari est assez touffu en dépendances, mais a garder en stock
>>     car c'est un excellent outil
>>   * mpes nécessite bokeh
>>     (https://salsa.debian.org/python-team/packages/python-bokeh),
>>     mais les autres dependances sont peut être accessibles. Plus
>>     facile que 'arpys'.
>>
>> Merci d'avance, Emmanuel.
>>
>>
>> Le 14/06/2023 à 16:26, Roland Mas a écrit :
>>> Bonjour,
>>>
>>> Un rapide état des lieux mi-juin, parce que je réalise que je n'ai 
>>> pas donné de nouvelles depuis un certain temps.
>>>
>>> - pour la galaxie Jupyterlab/ipywidgets : je suis dans le packaging 
>>> de jupyter-ydoc, qui a besoin de ypy, qui a besoin de maturin (un 
>>> système de build). Maturin est en cours de packaging par Jelmer 
>>> Vernooij, avec quelques dépendances en Rust. J'ai essayé de 
>>> construire tout ça avant que ça atteigne unstable/NEW mais ce n'est 
>>> pas encore réussi. Comme je vois passer des commits réguliers, je 
>>> suppose que Jelmer est sur le coup et que ça va se résorber d'ici peu.
>>>
>>> - pour pysaxs2, je suis toujours en attente de la publication des 
>>> sources par Olivier Tache du CEA. Je l'ai relancé fin mai, j'hésite 
>>> à insister… peut-être que vous pourriez tâter le terrain de votre 
>>> côté ?
>>>
>>> - pour eman2, je bute sur le système de construction. Apparemment il 
>>> est considéré comme acquis que eman2 ne sera jamais installé que via 
>>> Conda, et aucune instruction ne semble présente pour la construction 
>>> directe (via CMake). Je progresse doucement sur la 
>>> résolution/détection des dépendances par CMake.
>>>
>>> - demeter (le remplaçant de horae) est dans NEW.
>>>
>>> - refnx est dans testing.
>>>
>>> Voilà de quoi mettre un peu à jour la TODO-list sur 
>>> pan-team/soleil-packaging-overview :-)
>>>
>>> Roland.
>>>
>>>
>> -- 
>> signature
>> / ___|__/\_| |   | ____|_ _| |    FARHI Emmanuel
>> \___ \\ | |   |  _|  | || |      Div Exp/Data Reduction and Analysis Team
>>  ___) /_  _| |___| |___ | || |___   Tel : +33 (1) 69 35 96 04 
>> <callto:+33%20%281%29%2069%2035%2096%2004>
>> |____/  \/ |_____|_____|___|_____|  Saint-Aubin BP 48 - 91192 
>> GIF/YVETTE CEDEX
>> SYNCHROTRON http://www.synchrotron-soleil.fr
>>
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