[Debian-pan-maintainers] État des lieux mi-juin 2023: ufo-tofu

[Emmanuel FARHI]

Bonjour Roland,

La commande 'tofu ez' est en effet satisfaisante.

On va donc laisser tomber 'tofu gui'.

Par contre 'tofu flow', qui devrait etre assez plaisant selon 
https://github.com/ufo-kit/tofu/ donne un 'segfault', qui envoie la ligne

[4327648.778295] traps: tofu[802486] general protection fault 
ip:7f6becedf864 sp:7fff8303d5d8 error:0 in 
libOpenCL.so.1.0.0[7f6becedc000+6000]

dans dmesg.

Je viens de faire un ticket chez l'auteur.

  * https://github.com/ufo-kit/tofu/issues/129

Une fois qu'on y verra plus clair, on pourra ajouter un '.desktop' vers 
'tofu flow' ou 'tofu ez'.

Merci, Emmanuel.

Le 21/06/2023 à 17:20, Roland Mas a écrit :
>
> Bonjour,
>
> Pour ufo-tofu, j'ai l'impression que la partie gui n'est pas très à 
> jour… il y a à la fois des mentions de Qt4 et de Qt5 dans le code, 
> alors que le fichier requirements-guis.txt ne mentionne que Qt5. J'ai 
> patché ce que j'ai pu pour que la phase de chargement des modules (cf. 
> https://salsa.debian.org/science-team/ufo-tofu/-/commits/master) mais 
> j'arrive maintenant à un autre problème sur lequel je planche.
>
> https://github.com/ufo-kit/tofu/issues/90 dit que "the GUI is not 
> maintained anymore", je ne sais pas ce que ça implique ; tofu a une 
> autre sous-commande, "tofu ez", qui semble être complètement écrite en 
> Qt5 et qui lance une interface graphique aussi. Est-ce qu'elle remplit 
> la même niche que "tofu gui" ?
>
> Roland.
>
> Le 16/06/2023 à 16:07, Emmanuel FARHI a écrit :
>>
>> Petite précision pour ufo-tofu. J'ai essayé sur une bullseye et sur 
>> une bookworm.
>>
>> *Installation*:
>>
>> wget 
>> http://ftp.ch.debian.org/debian/pool/main/p/python-qtpynodeeditor/python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb
>> wget 
>> http://ftp.bg.debian.org/debian/pool/main/u/ufo-tofu/python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb
>>
>> sudo apt install ./python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb 
>> ./python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb
>> Lecture des listes de paquets... Fait
>> Construction de l'arbre des dépendances... Fait
>> Lecture des informations d'état... Fait
>> Note : sélection de « python3-ufo-tofu » au lieu de 
>> « ./python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb »
>> Note : sélection de « python3-qtpynodeeditor » au lieu de 
>> « ./python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb »
>> Les paquets supplémentaires suivants seront installés :
>>   python3-pyqtconsole python3-versioneer
>> Paquets suggérés :
>>   python-python-versioneer-doc
>> Les NOUVEAUX paquets suivants seront installés :
>>   python3-pyqtconsole python3-qtpynodeeditor python3-ufo-tofu
>>   python3-versioneer
>> 0 mis à jour, 4 nouvellement installés, 0 à enlever et 2 non mis à jour.
>> Il est nécessaire de prendre 0 o/234 ko dans les archives.
>> Après cette opération, 1 419 ko d'espace disque supplémentaires 
>> seront utilisés.
>> Souhaitez-vous continuer ? [O/n]
>> Réception de :1 
>> /home/experiences/grades/farhie/python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb 
>> python3-qtpynodeeditor all 0.2.0-2 [35,6 kB]
>> Réception de :2 
>> /home/experiences/grades/farhie/python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb 
>> python3-ufo-tofu all 0.12.0-2 [137 kB]
>> Sélection du paquet python3-pyqtconsole précédemment désélectionné.
>> (Lecture de la base de données... 1549507 fichiers et répertoires 
>> déjà installés
>> .)
>> Préparation du dépaquetage de .../python3-pyqtconsole_1.2.2-1_all.deb ...
>> Dépaquetage de python3-pyqtconsole (1.2.2-1) ...
>> Sélection du paquet python3-versioneer précédemment désélectionné.
>> Préparation du dépaquetage de .../python3-versioneer_0.28-1_all.deb ...
>> Dépaquetage de python3-versioneer (0.28-1) ...
>> Sélection du paquet python3-qtpynodeeditor précédemment désélectionné.
>> Préparation du dépaquetage de 
>> .../python3-qtpynodeeditor_0.2.0-2_all.deb ...
>> Dépaquetage de python3-qtpynodeeditor (0.2.0-2) ...
>> Sélection du paquet python3-ufo-tofu précédemment désélectionné.
>> Préparation du dépaquetage de .../python3-ufo-tofu_0.12.0-2_all.deb ...
>> Dépaquetage de python3-ufo-tofu (0.12.0-2) ...
>> Paramétrage de python3-pyqtconsole (1.2.2-1) ...
>> Paramétrage de python3-versioneer (0.28-1) ...
>> Paramétrage de python3-qtpynodeeditor (0.2.0-2) ...
>> Paramétrage de python3-ufo-tofu (0.12.0-2) ...
>> Traitement des actions différées (« triggers ») pour man-db 
>> (2.11.2-2) ...
>>
>> *Utilisation*:
>>
>> farhie at re-grades-02:~$ tofu gui
>> ERROR: Cannot import modules for GUI, please install PyQt4 and pyqtgraph
>>
>>
>> *Installation dans un venv pip*:
>>
>> J'ai ensuite tenté une installation locale dans un venv.
>>
>> Installing collected packages: pyxdg, PyQt5-Qt5, versioneer, 
>> PyQt5-sip, pycairo, pillow, parso, packaging, numpy, networkx, 
>> coverage, qtpy, PyQt5, PyGObject, jedi, imageio, qtpynodeeditor, 
>> pyqtconsol
>>
>> Installing collected packages: PyOpenGL, pyqtgraph
>>
>> Il semble ensuite qu'il y ait une dépendance sur
>>
>>   * sudo apt install libgirepository1.0-dev
>>
>> en creusant un peu plus loin on tombe sur le célèbre
>>
>>   * ValueError: Namespace Ufo not available for version 0.0
>>
>>
>> Emmanuel.
>>
>>
>> Le 15/06/2023 à 17:29, Emmanuel FARHI a écrit :
>>>
>>> Bonjour Roland,
>>>
>>> merci pour les nouvelles et le travail fourni.
>>>
>>>   * Croisons les doigts pour Jupyterlab. Ca va bien marcher à un
>>>     moment !
>>>   * Pour PySAXS, il ne faut pas hésiter à secouer le cocotier. Je
>>>     viens d'envoyer un email en ce sens.
>>>   * Pour eman2, ca a l'air en effet du pur cmake dans un conda
>>>     (CONDA_PREFIX not found). Je ne suis pas expert non plus la
>>>     dedans. Peut etre faut-il définir CONDA_PREFIX a la mano ?
>>>   * Merci pour Demeter. Je ne vois pas pas très bien si les GUI
>>>     arthemis et athena (https://salsa.debian.org/science-team/horae)
>>>     sont alors disponibles avec la nouvelle librairie
>>>     https://salsa.debian.org/perl-team/modules/packages/libdemeter-perl
>>>   * Pour RefNX, je l'ai migré vers DONE dans la liste PaN.
>>>
>>> Pour la suite:
>>>
>>>   * ufo-tofu: j'ai l'impression que le GUI ne se lance pas.
>>>   * nabu me semble un bon choix, et connaissant les développeurs, ca
>>>     doit être relativement propre.
>>>   * codra est fait par l'auteur de Spyder il me semble
>>>   * orange/quasar, peut etre plus simple maintenant car des
>>>     dépendances ont été ajoutées à debian depuis.
>>>   * napari est assez touffu en dépendances, mais a garder en stock
>>>     car c'est un excellent outil
>>>   * mpes nécessite bokeh
>>>     (https://salsa.debian.org/python-team/packages/python-bokeh),
>>>     mais les autres dependances sont peut être accessibles. Plus
>>>     facile que 'arpys'.
>>>
>>> Merci d'avance, Emmanuel.
>>>
>>>
>>> Le 14/06/2023 à 16:26, Roland Mas a écrit :
>>>> Bonjour,
>>>>
>>>> Un rapide état des lieux mi-juin, parce que je réalise que je n'ai 
>>>> pas donné de nouvelles depuis un certain temps.
>>>>
>>>> - pour la galaxie Jupyterlab/ipywidgets : je suis dans le packaging 
>>>> de jupyter-ydoc, qui a besoin de ypy, qui a besoin de maturin (un 
>>>> système de build). Maturin est en cours de packaging par Jelmer 
>>>> Vernooij, avec quelques dépendances en Rust. J'ai essayé de 
>>>> construire tout ça avant que ça atteigne unstable/NEW mais ce n'est 
>>>> pas encore réussi. Comme je vois passer des commits réguliers, je 
>>>> suppose que Jelmer est sur le coup et que ça va se résorber d'ici peu.
>>>>
>>>> - pour pysaxs2, je suis toujours en attente de la publication des 
>>>> sources par Olivier Tache du CEA. Je l'ai relancé fin mai, j'hésite 
>>>> à insister… peut-être que vous pourriez tâter le terrain de votre 
>>>> côté ?
>>>>
>>>> - pour eman2, je bute sur le système de construction. Apparemment 
>>>> il est considéré comme acquis que eman2 ne sera jamais installé que 
>>>> via Conda, et aucune instruction ne semble présente pour la 
>>>> construction directe (via CMake). Je progresse doucement sur la 
>>>> résolution/détection des dépendances par CMake.
>>>>
>>>> - demeter (le remplaçant de horae) est dans NEW.
>>>>
>>>> - refnx est dans testing.
>>>>
>>>> Voilà de quoi mettre un peu à jour la TODO-list sur 
>>>> pan-team/soleil-packaging-overview :-)
>>>>
>>>> Roland.
>>>>
>>>>
>>> -- 
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